"B-Eyes" ist eine Manga-Serie, die in einer Welt spielt, in der Menschen mit besonderen Fähigkeiten, den sogenannten "B-Eyes", existieren. Diese Fähigkeiten ermöglichen es den Trägern, übernatürliche Kräfte zu nutzen, die von telekinetischen Kräften bis hin zu telepathischen Fähigkeiten reichen. Die Handlung konzentriert sich auf den Protagonisten, einen jungen Mann namens Kaito, der selbst ein Träger der B-Eyes ist. Kaito lebt in einer Gesellschaft, in der Menschen mit diesen Fähigkeiten sowohl bewundert als auch gefürchtet werden, da ihre Kräfte sowohl für gute als auch für böse Zwecke eingesetzt werden können.

Kaito wird in eine Reihe von Ereignissen verwickelt, als er auf eine geheimnisvolle Organisation stößt, die die B-Eyes für ihre eigenen machtpolitischen Ziele missbraucht. Diese Organisation, bekannt als "Schattenkreis", versucht, die Kontrolle über alle Träger der B-Eyes zu erlangen, um ihre Macht zu festigen. Kaito schließt sich einer Gruppe von Widerstandskämpfern an, die sich gegen den Schattenkreis stellen und versuchen, die Welt vor deren tyrannischer Herrschaft zu bewahren.

Im Laufe der Serie entwickelt Kaito seine Fähigkeiten weiter und lernt, die volle Kraft seiner B-Eyes zu nutzen. Dabei trifft er auf verschiedene Charaktere, darunter sowohl Verbündete als auch Gegner, die ebenfalls über B-Eyes verfügen. Zu den wichtigsten Figuren gehören Rina, eine mutige Kämpferin, die Kaito unterstützt, und Shou, ein ehemaliger Freund, der sich dem Schattenkreis angeschlossen hat und nun gegen Kaito kämpft. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind komplex und werden durch ihre unterschiedlichen Motivationen und Hintergründe geprägt.

Die Handlung ist geprägt von intensiven Kämpfen, strategischen Manövern und moralischen Dilemmata, da die Charaktere oft vor der Wahl stehen, ihre Fähigkeiten für das Wohl der Allgemeinheit oder für persönliche Ziele einzusetzen. Die Serie erforscht Themen wie Macht, Verantwortung und die Konsequenzen von Entscheidungen in einer Welt, in der übernatürliche Kräfte die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen lassen.