In der dritten Staffel von *Spy×Family* wird die Geschichte der Forger-Familie fortgesetzt, die aus dem Spion Loid Forger, der Attentäterin Yor Briar und der telepathischen Adoptivtochter Anya besteht. Die Handlung spielt in einer alternativen Version des Kalten Krieges, in der das fiktive Land Ostania und das benachbarte Westalis in einem politischen Konflikt stehen. Loid, der unter dem Deckmantel eines Psychiaters arbeitet, erhält den Auftrag, eine friedliche Beziehung zwischen den beiden Nationen zu fördern, indem er Anya in die Elite-Schule Eden Academy einschleust. Dort soll sie sich mit dem Sohn eines einflussreichen Politikers anfreunden.

In dieser Staffel wird die Beziehung zwischen den Familienmitgliedern weiter vertieft, während sie ihre jeweiligen Geheimnisse bewahren. Anya, die Gedanken lesen kann, versucht weiterhin, ihre Eltern bei ihren Missionen zu unterstützen, ohne ihre Fähigkeiten preiszugeben. Yor, die als Auftragsmörderin arbeitet, kämpft damit, ihre Rolle als Ehefrau und Mutter mit ihrer gefährlichen Tätigkeit in Einklang zu bringen. Gleichzeitig wird Loid mit neuen Herausforderungen konfrontiert, die seine Loyalität und sein Engagement für die Mission auf die Probe stellen.

Die Staffel führt neue Charaktere ein, darunter potenzielle Verbündete und Gegner, die die Dynamik der Familie beeinflussen. Neben den humorvollen und herzerwärmenden Momenten des Familienlebens werden auch spannende Spionage- und Actionelemente weiterentwickelt. Die Handlung beleuchtet zudem die politischen Intrigen und die wachsende Bedrohung durch terroristische Gruppen, die den Frieden zwischen Ostania und Westalis gefährden. Die Staffel endet mit einem Cliffhanger, der die Spannung für die kommenden Ereignisse aufrechterhält.