Die OVA *Teenage Mutant Ninja Turtles: Legend of the Supermutants* präsentiert eine eigenständige Geschichte innerhalb des TMNT-Universums. Die Handlung beginnt mit den vier Ninja-Turtles – Leonardo, Donatello, Michelangelo und Raphael –, die in New York City gegen ihren Erzfeind Shredder und dessen Foot Clan kämpfen. Shredder plant, eine mysteriöse Substanz namens "Supermutant-Formel" zu nutzen, um eine Armee von übermächtigen Mutanten zu erschaffen. Diese Formel hat das Potenzial, normale Tiere in riesige, unkontrollierbare Kreaturen zu verwandeln.

Während die Turtles versuchen, Shredders Pläne zu vereiteln, stoßen sie auf eine Gruppe von Tieren, die bereits durch die Formel mutiert wurden. Diese neuen Mutanten, darunter ein Gorilla, ein Nashorn und ein Stier, sind zunächst feindselig und stellen eine zusätzliche Bedrohung dar. Die Turtles müssen nicht nur Shredder aufhalten, sondern auch die neuen Mutanten besiegen, bevor sie weiteren Schaden anrichten können. Dabei werden sie von ihrer Verbündeten April O’Neil und ihrem Mentor Splinter unterstützt.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Supermutant-Formel unvorhersehbare Nebenwirkungen hat. Die Turtles geraten in gefährliche Situationen, als sie versuchen, die Formel zu zerstören und Shredders Pläne zu durchkreuzen. Die Handlung ist geprägt von actionreichen Kämpfen, strategischen Manövern und den charakteristischen Dynamiken zwischen den Turtles, die ihre individuellen Persönlichkeiten und Fähigkeiten einbringen. Am Ende gelingt es ihnen, Shredder zu besiegen und die Supermutant-Formel unschädlich zu machen, wodurch die Stadt vor einer Katastrophe bewahrt wird.

Die OVA bleibt den Grundzügen der TMNT-Serie treu, bietet jedoch eine kompakte, in sich geschlossene Geschichte mit einem klaren Fokus auf Action und Abenteuer. Die Charaktere bleiben ihren bekannten Rollen treu: Leonardo als disziplinierter Anführer, Raphael als impulsiver Kämpfer, Donatello als technisch begabter Erfinder und Michelangelo als humorvoller Enthusiast. Shredder fungiert als zentraler Antagonist, dessen Ambitionen die Handlung vorantreiben.