"Running Boy Star Soldier no Himitsu" ist ein Anime-Film, der in einer futuristischen Welt spielt, in der die Menschheit mit außerirdischen Bedrohungen konfrontiert ist. Der Protagonist, ein junger Mann namens Shou, lebt in einer scheinbar normalen Gesellschaft, die jedoch von einer strengen Regierung kontrolliert wird. Shou entdeckt, dass er Teil eines geheimen Experiments ist, das ihn mit außerirdischer Technologie verbindet, die ihm übermenschliche Fähigkeiten verleiht. Diese Fähigkeiten machen ihn zu einem "Star Soldier", einem Elitekämpfer, der gegen die außerirdischen Invasoren eingesetzt wird.

Die Handlung entfaltet sich, als Shou auf eine Gruppe von Rebellen trifft, die gegen die Unterdrückung durch die Regierung kämpfen. Zusammen decken sie die wahren Absichten der Regierung auf, die hinter dem Experiment stecken: Die Schaffung einer Armee von Star Soldiers, um die Kontrolle über die Bevölkerung zu festigen und die außerirdische Bedrohung für ihre eigenen Zwecke zu nutzen. Shou muss sich entscheiden, ob er weiterhin als Werkzeug der Regierung dienen oder sich den Rebellen anschließen soll, um die Wahrheit ans Licht zu bringen und die Menschheit zu retten.

Die Charaktere sind vielfältig und tragen zur Komplexität der Geschichte bei. Neben Shou gibt es die Anführerin der Rebellen, eine ehemalige Wissenschaftlerin, die das Experiment ursprünglich entwickelt hat, sowie mehrere andere Star Soldiers, die mit ihren eigenen moralischen Dilemmata kämpfen. Die Interaktionen zwischen den Charakteren beleuchten Themen wie Loyalität, Freiheit und die ethischen Grenzen wissenschaftlicher Forschung.

Der Film kombiniert Action, Science-Fiction und politische Intrige, wobei die Handlung durch eine Reihe von Kämpfen und Enthüllungen vorangetrieben wird. Die Spannung steigt, als Shou und seine Verbündeten versuchen, die Pläne der Regierung zu durchkreuzen und gleichzeitig die außerirdische Bedrohung abzuwehren. Die Geschichte endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer über die Konsequenzen von Macht und Technologie nachdenken lässt.