"After-School Hanako-kun" (S2) setzt die Geschichte der mysteriösen Ereignisse an der Kamome Academy fort, einer Schule, die von übernatürlichen Phänomenen und Geistern heimgesucht wird. Die Serie vertieft die Beziehung zwischen Nene Yashiro, einer Schülerin, die sich in übernatürliche Angelegenheiten verstrickt, und Hanako-kun, dem Geist, der die sieben Schulmysterien anführt. Hanako-kun, der eigentlich Amane Yugi heißt, ist ein Geist, der im Mädchenklo der Schule haust und dafür bekannt ist, Wünsche zu erfüllen – allerdings oft mit unerwarteten Konsequenzen.

In der zweiten Staffel wird die Dynamik zwischen Nene und Hanako-kun weiterentwickelt, während sie gemeinsam gegen neue übernatürliche Bedrohungen kämpfen. Die Handlung konzentriert sich auf die Aufdeckung von Hanakos Vergangenheit und die Geheimnisse, die mit den sieben Schulmysterien verbunden sind. Dabei werden weitere Charaktere eingeführt, darunter Tsukasa Yugi, Hanakos Zwillingsbruder, dessen wahre Absichten und Verbindung zu den übernatürlichen Ereignissen im Mittelpunkt stehen. Tsukasa agiert oft als Antagonist und stellt eine Bedrohung für das fragile Gleichgewicht zwischen der menschlichen und der Geisterwelt dar.

Ein zentrales Thema der Staffel ist die zunehmende Komplexität der Beziehung zwischen Nene und Hanako-kun, die von Vertrauen, Loyalität und den Grenzen zwischen Leben und Tod geprägt ist. Nene muss sich mit ihrer eigenen Sterblichkeit auseinandersetzen, während Hanako-kun mit den Konsequenzen seiner Entscheidungen und seiner Rolle als Wächter der Schulmysterien konfrontiert wird. Die Staffel beleuchtet auch die Hintergründe anderer Schulmysterien, wie etwa die Figur des No. 6, der eine wichtige Rolle in der Entwicklung der Handlung spielt.

Die Handlung ist durch eine Mischung aus humorvollen, herzzerreißenden und düsteren Momenten gekennzeichnet, die die emotionalen Konflikte der Charaktere und die mysteriöse Atmosphäre der Serie unterstreichen. Die zweite Staffel baut auf den etablierten mythologischen Elementen der ersten Staffel auf und erweitert das Universum der Kamome Academy, während sie gleichzeitig die Charakterentwicklung und die zwischenmenschlichen Beziehungen in den Vordergrund stellt.