Die dritte Staffel von *The Irregular at Magic High School* setzt die Handlung der vorherigen Staffeln fort und vertieft die politischen und magischen Konflikte in der Welt der Serie. Die Geschichte spielt in einer alternativen Zukunft, in der Magie als wissenschaftliche Disziplin etabliert ist und von spezialisierten Magiern, sogenannten "Magicians", genutzt wird. Die Hauptfiguren sind die Geschwister Tatsuya und Miyuki Shiba, die an der First High School, einer Eliteeinrichtung für Magie, studieren.

Tatsuya Shiba, der Protagonist, wird oft als "Irregular" bezeichnet, da er trotz seiner begrenzten magischen Fähigkeiten in bestimmten Bereichen außergewöhnliche Fähigkeiten besitzt. Seine Schwester Miyuki hingegen gilt als eine der talentiertesten Magierinnen ihrer Generation. In der dritten Staffel rücken die politischen Spannungen zwischen den verschiedenen Fraktionen innerhalb der magischen Gesellschaft in den Vordergrund. Die Handlung konzentriert sich auf die wachsenden Konflikte zwischen den Traditionalisten, die die alte magische Ordnung bewahren wollen, und den Reformern, die eine modernere und inklusivere magische Gesellschaft anstreben.

Ein zentraler Handlungsstrang der Staffel dreht sich um die Vorbereitungen auf den "Nine Schools Competition", einen prestigeträchtigen Wettbewerb zwischen den magischen Schulen, der jedoch von politischen Intrigen und Sabotageversuchen überschattet wird. Tatsuya und Miyuki müssen sich nicht nur den Herausforderungen des Wettbewerbs stellen, sondern auch gegen Feinde kämpfen, die ihre Fähigkeiten und ihre Loyalität testen. Gleichzeitig wird Tatsuya weiterhin von seiner mysteriösen Vergangenheit und seiner Verbindung zu militärischen Organisationen verfolgt, was seine Rolle in den aktuellen Konflikten noch komplexer macht.

Die Staffel beleuchtet auch die Beziehung zwischen Tatsuya und Miyuki, die von tiefer Zuneigung und Loyalität geprägt ist, aber auch von den Erwartungen und Pflichten, die ihre Positionen mit sich bringen. Neben den Geschwistern spielen weitere Charaktere wie ihre Freunde und Klassenkameraden Erika, Mikihiko und Leo eine wichtige Rolle, die sich in den Konflikten bewähren müssen. Die Handlung wird durch technologische und magische Innovationen bereichert, die die Grenzen zwischen Magie und Wissenschaft weiter verwischen.

Insgesamt bietet die dritte Staffel eine Mischung aus actionreichen Szenen, politischen Intrigen und charakterbezogenen Entwicklungen, die die komplexe Welt der Serie weiter ausbauen. Die Handlung bleibt eng mit den etablierten Themen der Serie verbunden, darunter die Ethik der Magie, die Machtstrukturen innerhalb der Gesellschaft und die persönlichen Herausforderungen der Charaktere.