"Persona 4 the ANIMATION" ist eine Anime-Adaption des gleichnamigen Rollenspiels "Persona 4". Die Handlung spielt in der fiktiven Kleinstadt Inaba, wo der Protagonist Yu Narukami bei seinem Onkel und seiner Cousine lebt, nachdem er aus der Großstadt dorthin gezogen ist. Kurz nach seiner Ankunft beginnt eine Reihe mysteriöser Morde, die mit einem seltsamen Fernsehprogramm in Verbindung stehen, das nur bei Regen in der Nacht zu sehen ist. Es heißt, dass diejenigen, die ihr eigenes Gesicht im "Mitternachtskanal" sehen, in die Welt innerhalb des Fernsehers gezogen werden.

Yu und seine neuen Freunde aus der Schule – darunter die lebhafte Chie Satonaka, der ruhige Yosuke Hanamura und die zurückhaltende Yukiko Amagi – entdecken, dass sie in diese Welt eintreten können. Dort begegnen sie ihren eigenen Schatten, die ihre verborgenen Ängste und Unsicherheiten verkörpern. Durch die Konfrontation mit diesen Schatten erlangen sie die Fähigkeit, sogenannte "Personas" zu beschwören, mächtige Manifestationen ihrer inneren Stärke. Gemeinsam bilden sie das "Untersuchungsteam", um die Morde aufzuklären und die Wahrheit hinter dem Mitternachtskanal zu enthüllen.

Im Laufe der Serie treten weitere Charaktere dem Team bei, darunter der junge Detektiv Naoto Shirogane, der sich als Mädchen entpuppt, das sich als Junge verkleidet, um in ihrem Beruf ernst genommen zu werden, und der stille Roboterliebhaber Kanji Tatsumi. Jeder Charakter hat eine persönliche Geschichte, die mit seinen inneren Konflikten und der Entwicklung seiner Persona verbunden ist. Die Gruppe deckt auf, dass die Morde von einem Serienmörder verübt werden, der seine Opfer in die Welt des Fernsehers stößt, wo sie von ihren Schatten getötet werden.

Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Rätsel, bei dem das Team nicht nur gegen die Schatten kämpft, sondern auch versucht, den wahren Täter zu identifizieren. Dabei müssen sie sich mit Themen wie Identität, Selbstakzeptanz und den Konsequenzen der Verleugnung eigener Gefühle auseinandersetzen. Die Serie verbindet Elemente des Übernatürlichen, der Detektivarbeit und der Charakterentwicklung, während die Protagonisten versuchen, die Bedrohung zu stoppen und ihre eigene Wahrheit zu finden.