".hack//The Movie" spielt in der virtuellen MMORPG-Welt "The World R:2", einem weit verbreiteten Online-Spiel, das Millionen von Spielern anzieht. Die Handlung konzentriert sich auf Sora, einen talentierten, aber einsamen Spieler, der sich durch seine Fähigkeiten im Spiel einen Namen gemacht hat. Sora ist bekannt für seinen rücksichtslosen Spielstil und seine Neigung, andere Spieler zu provozieren. Eines Tages trifft er auf eine mysteriöse Spielerin namens Kite, die eine seltene und mächtige Waffe besitzt, die als "Avatar" bekannt ist. Diese Waffe verleiht ihrem Träger außergewöhnliche Fähigkeiten, zieht aber auch die Aufmerksamkeit gefährlicher Gegner auf sich.

Kite wird von einer Gruppe von Spielern verfolgt, die als "Epitaph Users" bekannt sind und über ähnliche Avatare verfügen. Diese Gruppe scheint Verbindungen zu einem dunklen Geheimnis innerhalb des Spiels zu haben, das mit dem Verschwinden von Spielern in der realen Welt zusammenhängt. Sora beschließt, Kite zu beschützen und gemeinsam mit ihr die Wahrheit hinter den mysteriösen Vorfällen aufzudecken. Dabei müssen sie sich nicht nur gegen die Epitaph Users behaupten, sondern auch gegen mächtige Bosse und die Bedrohung durch einen gefährlichen Virus, der das Spiel zu korrumpieren droht.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich eine komplexe Dynamik zwischen Sora und Kite, die von Misstrauen und Zusammenarbeit geprägt ist. Sora, der zunächst nur an seinem eigenen Vergnügen interessiert ist, beginnt, Verantwortung zu übernehmen und sich für die Sicherheit anderer einzusetzen. Kite hingegen ist entschlossen, das Geheimnis des Spiels zu lüften und diejenigen zu retten, die in der virtuellen Welt gefangen sind. Ihre gemeinsame Reise führt sie durch verschiedene Levels und Herausforderungen, während sie versuchen, die Verbindung zwischen der virtuellen und der realen Welt zu verstehen.

Der Film untersucht Themen wie Identität, Verantwortung und die Auswirkungen von Technologie auf das menschliche Leben. Die Handlung ist eng mit der größeren ".hack"-Franchise verbunden und bietet Einblicke in die komplexe Mythologie der Serie, während sie gleichzeitig eine in sich geschlossene Geschichte erzählt. Die Charaktere sind vielschichtig, und ihre Interaktionen tragen dazu bei, die Spannung und emotionale Tiefe der Handlung zu verstärken.