Die Manga-Serie ".hack//SIGN" spielt in der virtuellen Welt von "The World", einem populären MMORPG, das von Millionen von Spielern genutzt wird. Die Handlung konzentriert sich auf Tsukasa, einen Spieler, der im Spiel gefangen ist und sich nicht ausloggen kann. Tsukasa hat keine Erinnerungen an sein reales Leben und wird von einem mysteriösen Wesen namens Morganna begleitet, das ihn beschützt und gleichzeitig kontrolliert. Seine Unfähigkeit, das Spiel zu verlassen, und seine emotionale Distanz zu anderen Spielern machen ihn zu einer isolierten Figur.

Im Laufe der Geschichte trifft Tsukasa auf andere Spieler, darunter die neugierige und freundliche Mimiru, den ruhigen und strategisch denkenden Bear, die energische und kämpferische BT sowie den geheimnisvollen Subaru, der eine besondere Verbindung zu Tsukasa entwickelt. Diese Charaktere versuchen, Tsukasa zu helfen, während sie gleichzeitig die Geheimnisse von "The World" und die Gründe für seine Gefangenschaft erforschen. Dabei stoßen sie auf Phänomene wie den "Key of the Twilight", ein legendäres Artefakt, das angeblich die Macht besitzt, die Spielwelt zu verändern.

Die Handlung wird durch die Interaktionen zwischen den Charakteren und ihre individuellen Motivationen vorangetrieben. Mimiru sucht nach Freundschaft und Abenteuer, während Bear versucht, die Regeln und Grenzen des Spiels zu verstehen. BT ist auf der Suche nach Herausforderungen und Kämpfen, und Subaru versucht, Tsukasa zu verstehen und ihm zu helfen, seine Identität wiederzuerlangen. Gleichzeitig gibt es eine Bedrohung durch den Spieler Sora, der durch seine aggressiven und manipulativen Handlungen Konflikte schürt.

Die Geschichte erkundet Themen wie Identität, Isolation und die Grenzen zwischen virtueller und realer Welt. Die Charaktere müssen sich mit ihren eigenen Ängsten und Unsicherheiten auseinandersetzen, während sie versuchen, die Geheimnisse von "The World" zu lüften. Die Handlung ist geprägt von mysteriösen Ereignissen, die auf eine tiefere Verbindung zwischen der virtuellen Welt und der Realität hindeuten, und endet mit einer Auflösung, die sowohl die Schicksale der Charaktere als auch die Natur von "The World" betrifft.