Die Anime-Serie "Zoids" spielt in einer fiktiven Welt, in der riesige biomechanische Kreaturen, bekannt als Zoids, eine zentrale Rolle im täglichen Leben und in militärischen Konflikten einnehmen. Die Handlung konzentriert sich auf den jungen Van Flyheight, der in einer abgelegenen Region des Planeten Zi lebt. Nachdem er auf einen verfallenen Zoid namens Zeke stößt, entwickelt sich eine symbiotische Beziehung zwischen den beiden. Zeke ist ein Organoid, eine seltene und hochentwickelte Form eines Zoids, die in der Lage ist, andere Zoids zu verstärken und zu reparieren.

Van schließt sich mit Fiona, einer mysteriösen jungen Frau, zusammen, die über umfangreiches Wissen über Zoids verfügt. Gemeinsam reisen sie durch die Welt und treffen auf verschiedene Fraktionen, darunter die Republik und das Imperium, die in einem anhaltenden Krieg um die Vorherrschaft auf Zi verwickelt sind. Van und Fiona schließen sich der Republik an und kämpfen gegen die imperialen Streitkräfte, die oft von skrupellosen Kommandanten wie Raven angeführt werden.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Van und Zeke immer stärker, und Van entwickelt sich vom unerfahrenen Piloten zu einem fähigen Anführer. Die Handlung vertieft sich in die politischen und militärischen Intrigen des Krieges, während gleichzeitig die Geheimnisse um die Herkunft der Zoids und der Organoide enthüllt werden. Die Charaktere müssen sich mit moralischen Dilemmata auseinandersetzen und Entscheidungen treffen, die weitreichende Konsequenzen haben.

Neben Van und Fiona spielen auch andere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Irvine, ein erfahrener Zoid-Pilot mit einer dunklen Vergangenheit, und Moonbay, eine geschickte Mechanikerin und Händlerin. Die Serie kombiniert Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, während sie die Entwicklung der Charaktere und ihre Beziehungen zueinander in den Vordergrund stellt. Die Kämpfe zwischen den Zoids sind ein zentrales Element der Serie, wobei jede Schlacht strategische Entscheidungen und technologische Innovationen erfordert.

Die Handlung erreicht ihren Höhepunkt in einer Reihe von entscheidenden Konfrontationen zwischen den republikanischen und imperialen Streitkräften, die das Schicksal des Planeten Zi bestimmen. Die Serie endet mit einer Auflösung der Hauptkonflikte, lässt jedoch Raum für Interpretationen und mögliche Fortsetzungen. "Zoids" bietet eine Mischung aus packenden Kampfszenen, emotionalen Momenten und einer detaillierten Welt, die von den biomechanischen Kreaturen und ihren Piloten geprägt ist.