"Zoids Genesis" ist eine Anime-Serie, die in einer postapokalyptischen Welt spielt, in der die Menschheit nach einer verheerenden Katastrophe, bekannt als der "Große Krieg", ums Überleben kämpft. Die Zivilisation ist weitgehend zerstört, und die Überlebenden leben in kleinen Gemeinschaften, die von den Überresten der alten Technologie abhängig sind. In dieser Welt spielen mechanische Lebewesen, sogenannte Zoids, eine zentrale Rolle. Diese biomechanischen Kreaturen, die oft als Waffen oder Transportmittel eingesetzt werden, sind aus den Ruinen der alten Welt geborgen worden.

Die Handlung konzentriert sich auf den jungen Protagonisten Ruuji Famiglia, der in einem abgelegenen Dorf namens Seijaku lebt. Ruuji entdeckt eines Tages einen alten Zoid namens Murasame Liger, der in den Ruinen der alten Zivilisation verborgen war. Murasame Liger ist kein gewöhnlicher Zoid, sondern ein legendäres Modell, das über immense Kräfte verfügt und als Schlüssel zur Rettung der Welt angesehen wird. Ruuji schließt sich einer Gruppe von Rebellen an, die gegen die tyrannische Digald-Kaiserliche Armee kämpft, die versucht, die verbliebenen Ressourcen der Welt zu kontrollieren und die Bevölkerung zu unterdrücken.

Die Digald-Armee wird von einem mysteriösen und mächtigen Feind angeführt, der die Kontrolle über die Zoids und die Technologie der alten Welt anstrebt. Ruuji und seine Verbündeten, darunter die mutige Kämpferin Ra Kan und der erfahrene Zoid-Pilot Ron, müssen sich gegen die übermächtigen Kräfte der Digald-Armee behaupten. Dabei entdecken sie nach und nach die Geheimnisse der alten Zivilisation und die wahre Natur der Zoids.

Im Verlauf der Serie wird deutlich, dass die Zoids mehr sind als bloße Maschinen – sie sind lebendige Wesen mit eigenen Willen und einer tiefen Verbindung zu ihren Piloten. Ruuji und Murasame Liger entwickeln eine einzigartige Beziehung, die es ihnen ermöglicht, ihre Fähigkeiten zu maximieren und gegen die Bedrohung durch die Digald-Armee anzutreten. Die Serie thematisiert dabei auch die Bedeutung von Zusammenhalt, Mut und der Suche nach der Wahrheit in einer Welt, die von Chaos und Zerstörung geprägt ist.

"Zoids Genesis" verbindet Action, Abenteuer und Science-Fiction-Elemente, während es die Entwicklung der Charaktere und ihre Beziehungen zu den Zoids in den Vordergrund stellt. Die Serie besteht aus 50 Episoden und bietet eine abgeschlossene Geschichte, die sowohl die Kämpfe gegen die Digald-Armee als auch die Aufklärung über die Vergangenheit der Welt umfasst.