"Ghost in the Shell S.A.C. Solid State Society 3D" ist ein Film, der in der nahen Zukunft spielt, in der Technologie und Cybernetik die Grenzen zwischen Mensch und Maschine verschwimmen lassen. Die Handlung dreht sich um die Mitglieder von Public Security Section 9, einer Eliteeinheit, die sich mit Cyberkriminalität und terroristischen Bedrohungen auseinandersetzt. Major Motoko Kusanagi, eine hochqualifizierte Cyborg-Agentin, steht im Mittelpunkt der Geschichte, obwohl sie zu Beginn des Films nicht mehr bei Section 9 arbeitet. Stattdessen hat Batou die Leitung der Einheit übernommen.

Die Handlung beginnt mit einer Reihe mysteriöser Vorfälle, die als "Solid State Society" bezeichnet werden. Ein geheimnisvolles Phänomen, bei dem Menschen plötzlich ihre Identität verlieren und in einem Zustand der Apathie verharren, wird untersucht. Gleichzeitig taucht ein rätselhafter Hacker auf, der sich "Puppet Master" nennt und scheinbar Kontrolle über die Gehirne der Opfer erlangt. Section 9 wird mit der Aufklärung dieser Vorfälle beauftragt, wobei sie auf komplexe Netzwerke von Korruption, politische Intrigen und die Auswirkungen der fortschreitenden Technologisierung der Gesellschaft stoßen.

Im Laufe der Ermittlungen wird deutlich, dass die "Solid State Society" mit einem weitreichenden sozialen Problem verbunden ist: der Überalterung der Bevölkerung und der daraus resultierenden Belastung des Sozialsystems. Einflussreiche Persönlichkeiten nutzen diese Krise, um ihre eigenen Interessen durchzusetzen, während die Opfer des Puppet Masters oft ältere Menschen sind, die in ihrer Verzweiflung nach einer Lösung suchen. Major Kusanagi kehrt schließlich zurück, um Section 9 bei der Aufklärung zu unterstützen, und enthüllt dabei ihre tiefe Verbindung zu den Ereignissen.

Der Film thematisiert die ethischen und philosophischen Fragen, die mit der Verschmelzung von Mensch und Maschine einhergehen, sowie die Auswirkungen von Technologie auf die Gesellschaft. Die Charaktere, darunter Batou, Togusa und Aramaki, agieren in einer Welt, in der Identität, Erinnerung und menschliche Existenz zunehmend fragil werden. Die Handlung ist dicht und komplex, mit zahlreichen Wendungen, die die Grenzen zwischen Realität und Virtualität in Frage stellen.