"Fate/Zero 2" setzt die Handlung des ersten Teils fort und vertieft den Konflikt um den Heiligen Gral, ein mystisches Artefakt, das den Wunsch des Siegers erfüllen kann. Die Serie spielt in einer Welt, in der Magier, bekannt als Meister, und ihre Diener, heroische Geister aus der Vergangenheit, in einem tödlichen Wettkampf gegeneinander antreten. Die zweite Hälfte der Serie konzentriert sich auf die zunehmend brutalen und moralisch komplexen Auseinandersetzungen zwischen den verbliebenen Teilnehmern.

Kiritsugu Emiya, ein pragmatischer und skrupelloser Magierjäger, bleibt einer der zentralen Charaktere. Er kämpft mit seinem Diener Saber, der König Artus verkörpert, und verfolgt das Ziel, den Heiligen Gral zu zerstören, um eine utopische Welt ohne Krieg zu schaffen. Sein Gegenspieler ist Kirei Kotomine, ein Priester mit inneren Konflikten, der von seinem Diener, dem skrupellosen Assassinen Gilgamesh, manipuliert wird. Kirei ringt mit seiner eigenen Leere und sucht nach einem Sinn in seinem Leben, was ihn zu einem gefährlichen Gegner macht.

Andere wichtige Figuren sind Waver Velvet, ein junger und unerfahrener Magier, der mit seinem Diener Rider, dem historischen Eroberer Alexander der Große, eine ungewöhnliche Freundschaft entwickelt. Rider verkörpert Ideale von Ehre und Mut, die Wavers Perspektive auf den Krieg verändern. Tokiomi Tohsaka, ein traditioneller Magier, und sein Diener Archer, der arrogante und mächtige Gilgamesh, spielen ebenfalls eine zentrale Rolle, obwohl ihre Allianz von Misstrauen geprägt ist.

Die Handlung nimmt eine düstere Wendung, als die Teilnehmer erkennen, dass der Heilige Gral nicht das ist, was er zu sein scheint. Die Kämpfe werden intensiver, und die moralischen Grenzen der Charaktere werden auf die Probe gestellt. Die Serie erforscht Themen wie Schicksal, Moral und die Natur des Menschseins, während die Charaktere mit ihren eigenen Überzeugungen und Fehlern konfrontiert werden. Der finale Konflikt gipfelt in einer apokalyptischen Konfrontation, die das Schicksal aller Beteiligten besiegelt und die Grundlage für die Ereignisse der "Fate"-Reihe legt.