"Danganronpa 3: The End of Kibōgamine Gakuen" besteht aus zwei parallelen Handlungssträngen, die als "Zukunftsbogen" (Mirai-hen) und "Verzweiflungsbogen" (Zetsubō-hen) bezeichnet werden. Beide Bögen sind eng miteinander verflochten und ergänzen sich, um die Geschehnisse rund um die Kibōgamine-Akademie und ihre Charaktere abzuschließen.

Der Zukunftsbogen spielt nach den Ereignissen von "Danganronpa 2: Goodbye Despair" und zeigt die Rückkehr der Überlebenden der Kibōgamine-Akademie in die reale Welt. Sie werden von der Future Foundation, einer Organisation, die gegen die Verzweiflung kämpft, eingeladen, um ihre Rolle in der neuen Welt zu finden. Doch die Versammlung entpuppt sich als Falle: Die Teilnehmer werden in einem neuen "Killing Game" gefangen, das von Monokuma, dem maskottchenartigen Antagonisten der Serie, orchestriert wird. Die Charaktere müssen sich gegenseitig misstrauen, während sie versuchen, die Regeln des Spiels zu durchschauen und den wahren Schuldigen zu identifizieren. Zu den Hauptfiguren gehören Makoto Naegi, der Protagonist der ersten "Danganronpa"-Spiele, sowie Kyoko Kirigiri und andere Mitglieder der Future Foundation.

Der Verzweiflungsbogen hingegen fungiert als Prequel und beleuchtet die Vorgeschichte der Kibōgamine-Akademie, insbesondere die Ereignisse, die zur weltweiten Verbreitung der Verzweiflung führten. Im Mittelpunkt steht hier die Klasse 77-B, die später in "Danganronpa 2" eine zentrale Rolle spielt. Die Schüler werden von ihrer Klassenlehrerin Chisa Yukizome unterrichtet, doch ihre Idylle wird durch die Manipulationen von Junko Enoshima, der Verkörperung der Verzweiflung, zerstört. Junko nutzt ihre Fähigkeiten, um die Schüler in einen Zustand der Verzweiflung zu stürzen, was schließlich zur Tragödie führt, die die Welt in Chaos stürzt. Dieser Bogen zeigt auch die Entstehung von Monokuma und die Hintergründe der Future Foundation.

Beide Handlungsstränge münden in einem abschließenden Doppelepisode, die als "Hoffnungsbogen" (Kibō-hen) bezeichnet wird. Hier werden die Konflikte zwischen Zukunft und Verzweiflung aufgelöst, und die Charaktere müssen sich entscheiden, ob sie der Hoffnung oder der Verzweiflung folgen wollen. Die Serie schließt damit die narrativen Lücken der vorherigen Werke und bietet eine umfassende Auflösung der zentralen Konflikte.

Die Charaktere sind vielfältig und repräsentieren unterschiedliche Aspekte der "Danganronpa"-Welt. Makoto Naegi verkörpert die unerschütterliche Hoffnung, während Kyoko Kirigiri als rational denkende Ermittlerin agiert. Junko Enoshima bleibt die treibende Kraft hinter den tragischen Ereignissen, und ihre Manipulationen beeinflussen sowohl die Vergangenheit als auch die Gegenwart. Die Schüler der Klasse 77-B, darunter Hajime Hinata und Nagito Komaeda, spielen eine entscheidende Rolle im Verzweiflungsbogen und zeigen, wie sie zu den Figuren wurden, die in "Danganronpa 2" auftreten.

Insgesamt bietet "Danganronpa 3: The End of Kibōgamine Gakuen" eine komplexe und eng verwobene Erzählung, die die Hintergründe und Konsequenzen der Ereignisse in der "Danganronpa"-Reihe aufzeigt. Die Serie verbindet die Handlungsstränge der Vorgängerwerke und schafft eine abgeschlossene Geschichte, die sowohl für Fans der Serie als auch für Neueinsteiger interessant ist.