"EX-ARM" spielt in einer futuristischen Welt, in der Technologie und künstliche Intelligenz eine zentrale Rolle spielen. Die Handlung beginnt im Jahr 2014, als der Teenager Akira Natsume bei einem Autounfall stirbt. Sein Bewusstsein wird jedoch in einen fortschrittlichen Roboterkörper, den sogenannten EX-ARM, übertragen. 16 Jahre später, im Jahr 2030, erwacht Akira in einer Welt, die er nicht mehr kennt, und wird von der Polizei entdeckt. Seine neuen Fähigkeiten als EX-ARM machen ihn zu einem wertvollen Werkzeug im Kampf gegen Verbrechen, insbesondere gegen eine mysteriöse Organisation, die gefährliche Technologien für ihre eigenen Zwecke missbraucht.

Akira schließt sich der Spezialeinheit der Polizei an, die von der erfahrenen Offizierin Minami Uezono und ihrem Kollegen Alma geleitet wird. Zusammen kämpfen sie gegen Bedrohungen, die von hochmodernen Waffen und KI-gesteuerten Systemen ausgehen. Im Laufe der Serie wird deutlich, dass Akira nicht der einzige EX-ARM ist, und es gibt weitere Individuen, die ähnliche Fähigkeiten besitzen. Diese werden jedoch oft von dunklen Mächten kontrolliert, was zu Konflikten und moralischen Dilemmata führt.

Die Handlung entwickelt sich um die Aufklärung der wahren Absichten der Organisation, die hinter den EX-ARMs steckt, sowie um Akiras Versuch, seine verlorene Menschlichkeit wiederzuerlangen. Dabei werden Themen wie Identität, Technologieabhängigkeit und die ethischen Grenzen der Wissenschaft behandelt. Die Charaktere müssen sich mit ihren eigenen Vorstellungen von Menschsein auseinandersetzen, während sie in einer Welt voller Gefahren und technologischer Wunder navigieren.