Hajime Nagumo, ein gewöhnlicher Oberschüler, wird zusammen mit seinen Klassenkameraden in eine fantastische Welt beschworen, um sie vor einer drohenden Katastrophe zu retten. Während seine Mitschüler mächtige Fähigkeiten erhalten, bleibt Hajime mit einem scheinbar nutzlosen Talent zurück, das ihn zur Transmutation befähigt. Während einer Expedition in ein gefährliches Dungeon wird er von einem seiner Klassenkameraden verraten und stürzt in einen Abgrund. In dieser lebensbedrohlichen Situation entwickelt Hajime einen unerbittlichen Überlebenswillen und beginnt, seine Fähigkeiten zu nutzen, um Waffen und Werkzeuge zu erschaffen, die ihm helfen, die tödlichen Gefahren des Dungeons zu überwinden.

Im Laufe seiner Reise trifft Hajime auf Yue, eine mysteriöse Vampirprinzessin, die im Dungeon gefangen war. Die beiden schließen sich zusammen und entwickeln eine enge Bindung. Gemeinsam kämpfen sie sich durch weitere Dungeons, um stärker zu werden und die Welt zu verstehen, in die sie geraten sind. Dabei begegnen sie weiteren Verbündeten, darunter die Drachentöchter Shea, eine Hasenmensch-Kriegerin, und Tio, eine Drachin mit einem Hang zur Schadenfreude. Jede von ihnen hat ihre eigenen Motive und Hintergründe, die sie mit Hajime und Yue verbinden.

Während Hajime und seine Gruppe an Stärke gewinnen, enthüllt sich nach und nach die wahre Natur der Welt, in der sie sich befinden. Sie erfahren von den Göttern, die die Menschheit manipulieren, und von den alten Konflikten, die die Welt prägen. Hajimes Ziel verschiebt sich vom bloßen Überleben zur Suche nach einem Weg, in seine Heimatwelt zurückzukehren. Dabei muss er sich nicht nur gegen mächtige Monster und Dungeons behaupten, sondern auch gegen die Intrigen seiner eigenen Klassenkameraden und anderer Beschworener, die eigene Ziele verfolgen.

Die Serie kombiniert Action, Fantasy und Charakterentwicklung, wobei Hajimes Transformation von einem schwachen Schüler zu einem skrupellosen, aber zielstrebigen Kämpfer im Mittelpunkt steht. Die Dynamik zwischen den Charakteren, insbesondere Hajimes Beziehung zu Yue, spielt eine zentrale Rolle, während die Handlung durch die Erkundung der Dungeons und die Enthüllung der Weltgeheimnisse vorangetrieben wird.