"Muv-Luv Alternative" ist eine Anime-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit gegen eine außerirdische Bedrohung, die BETA, kämpft. Die Handlung setzt nach den Ereignissen des Vorgängers "Muv-Luv" ein und konzentri sich auf Takeru Shirogane, einen jungen Mann, der aus einer alternativen Zeitlinie in eine Welt voller Krieg und Zerstörung versetzt wird. In dieser Realität sind die BETA, humanoide außerirdische Kreaturen, dabei, die Erde zu überrennen, und die Menschheit setzt riesige Kampfmaschinen, sogenannte Tactical Surface Fighters (TSF), ein, um sich zu verteidigen.

Takeru wird in die Yokohama Base versetzt, eine militärische Einrichtung, in der er Teil der Spezialeinheit "Alternative IV" wird. Diese Einheit hat das Ziel, eine neue Strategie zu entwickeln, um die BETA zu besiegen. Takeru muss sich an die harte Realität des Krieges anpassen und mit den anderen Mitgliedern der Einheit zusammenarbeiten, darunter Meiya Mitsurugi, eine entschlossene und fähige Kämpferin, und Sumika Kagami, eine enge Freundin aus seiner ursprünglichen Zeitlinie, die in dieser Welt eine tragische Rolle spielt.

Die Serie zeigt die Entwicklung der Charaktere, ihre persönlichen Konflikte und die moralischen Dilemmata, die der Krieg mit sich bringt. Takeru nutzt sein Wissen aus der alternativen Zeitlinie, um die Strategien der Menschheit zu verbessern, stößt jedoch auf Widerstand und Skepsis seitens der militärischen Führung. Die Handlung wird durch politische Intrigen, militärische Operationen und die ständige Bedrohung durch die BETA vorangetrieben.

Ein zentrales Thema ist die Frage, wie weit die Menschheit gehen darf, um zu überleben, und welche Opfer dafür gebracht werden müssen. Die Serie behandelt auch die Beziehungen zwischen den Charakteren, insbesondere die Bindung zwischen Takeru, Meiya und Sumika, die durch die Herausforderungen des Krieges auf die Probe gestellt wird. Die Handlung gipfelt in einer Reihe von entscheidenden Schlachten, die das Schicksal der Menschheit bestimmen werden.

"Muv-Luv Alternative" kombiniert Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, um eine düstere und spannende Geschichte zu erzählen, die die Zuschauer in eine Welt voller Konflikte und moralischer Komplexität eintauchen lässt.