"Muv-Luv Alternative (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Visual Novels und spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit gegen eine außerirdische Bedrohung, die BETA, kämpft. Die Handlung konzentriert sich auf Takeru Shirogane, einen jungen Mann, der aus einer alternativen Realität in eine Welt voller Krieg und Zerstörung versetzt wird. In dieser neuen Realität sind die BETA, humanoide außerirdische Wesen, dabei, die Erde zu überrennen, und die Menschheit steht kurz vor der Auslöschung.

Takeru wird in eine militärische Ausbildungseinrichtung versetzt, wo er sich einer Gruppe von Piloten anschließt, die sogenannte Tactical Surface Fighters (TSF) steuern, riesige mechanische Kampfmaschinen, die gegen die BETA eingesetzt werden. Zu seinen Mitstreitern gehören Charaktere wie Meiya Mitsurugi, eine entschlossene und talentierte Pilotin, und Sumika Kagami, eine enge Freundin aus seiner ursprünglichen Realität, die in dieser Welt jedoch eine andere Rolle einnimmt. Die Gruppe wird mit den harten Realitäten des Krieges konfrontiert, während sie versucht, ihre Fähigkeiten zu verbessern und die BETA zu besiegen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus intensiven Kampfszenen, politischen Intrigen und persönlichen Konflikten. Takeru muss sich nicht nur mit den physischen Herausforderungen des Krieges auseinandersetzen, sondern auch mit den emotionalen Belastungen, die mit dem Verlust von Freunden und der moralischen Ambivalenz des Krieges einhergehen. Die Beziehungen zwischen den Charakteren werden durch die ständige Bedrohung durch die BETA auf die Probe gestellt, und Takeru muss lernen, mit den Konsequenzen seiner Handlungen umzugehen.

Die Geschichte thematisiert Themen wie Verantwortung, Opferbereitschaft und die Auswirkungen des Krieges auf die menschliche Psyche. Die Charaktere werden in einer Welt gezeigt, in der Hoffnung und Verzweiflung eng miteinander verwoben sind, und ihre Entwicklung spiegelt die Grausamkeit und Komplexität des Konflikts wider. "Muv-Luv Alternative (Manga)" bietet eine dichte und emotionale Erzählung, die die Leser in eine Welt voller Spannung und Tragik eintauchen lässt.