"Pacific Rim: The Black" spielt in einer Welt, die von den Kaiju, riesigen monströsen Kreaturen, überrannt wurde. Nachdem die Menschheit jahrelang gegen diese Bedrohung kämpfte, indem sie riesige Roboter, sogenannte Jaegers, einsetzte, musste sie schließlich Australien aufgeben, das nun als "The Black" bezeichnet wird. Die Handlung beginnt mit den Geschwistern Taylor und Hayley Travis, die in einer verlassenen Siedlung in Australien zurückgelassen wurden, nachdem ihre Eltern mit einem Jaeger namens "Atlas Destroyer" verschwanden. Die beiden überleben allein, bis sie eines Tages auf einen funktionierenden Jaeger stoßen, den sie "Atlas Destroyer" nennen und der ihnen die Möglichkeit gibt, gegen die Kaiju zu kämpfen und ihre Familie zu finden.

Auf ihrer Reise durch das gefährliche Gebiet von "The Black" treffen Taylor und Hayley auf verschiedene Überlebende, darunter die geheimnisvolle Mei, die eine Verbindung zu den Kaiju zu haben scheint, und den ehemaligen Jaeger-Piloten Shane, der ihnen bei der Bedienung des Atlas Destroyer hilft. Die Geschwister müssen nicht nur gegen die Kaiju kämpfen, sondern auch gegen menschliche Bedrohungen wie die "Boy", eine Gruppe von Überlebenden, die ihre eigenen Ziele verfolgen. Im Laufe der Serie enthüllt sich, dass die Kaiju nicht nur zufällige Zerstörer sind, sondern Teil eines größeren Plans, der mit der mysteriösen Organisation "Sisters of the Kaiju" zusammenhängt.

Die Beziehung zwischen Taylor und Hayley steht im Mittelpunkt der Handlung, wobei ihre unterschiedlichen Persönlichkeiten und Herangehensweisen an die Gefahren von "The Black" oft zu Konflikten führen. Taylor, der ältere Bruder, ist pragmatisch und entschlossen, während Hayley, die jüngere Schwester, idealistischer und emotionaler ist. Ihre Dynamik entwickelt sich im Laufe der Serie, während sie gemeinsam lernen, den Atlas Destroyer zu kontrollieren und sich den Herausforderungen zu stellen.

Die Handlung wird durch die Entdeckung von Geheimnissen über die Kaiju und die Rolle der Menschheit in diesem Konflikt vorangetrieben. Die Serie endet mit einem offenen Finale, das Raum für weitere Entwicklungen lässt, insbesondere im Hinblick auf das Schicksal der Geschwister und die wahre Natur der Kaiju-Bedrohung.