In der zweiten Staffel von *Pacific Rim: The Black* setzt sich die Geschichte der Geschwister Taylor und Hayley Travis fort, die in einer postapokalyptischen Welt ums Überleben kämpfen. Nachdem sie im ersten Teil den Jaeger "Atlas Destroyer" gefunden und aktiviert haben, setzen sie ihre Reise fort, um ihre Eltern zu finden und die Bedrohung durch die Kaiju zu bekämpfen. Die Staffel vertieft die Beziehung zwischen den Geschwistern und zeigt, wie sie mit den Herausforderungen ihrer Umgebung und den inneren Konflikten umgehen.

Die Handlung führt die Protagonisten in neue Gebiete, darunter die geheimnisvolle Stadt Sydney, die von einer gefährlichen Kaiju-Infektion befallen ist. Dort treffen sie auf eine Gruppe von Überlebenden, die von einer charismatischen Anführerin namens Mei geleitet wird. Mei hat ihre eigenen Pläne und Ziele, die nicht immer mit denen von Taylor und Hayley übereinstimmen. Die Spannungen zwischen den Gruppen nehmen zu, als sich herausstellt, dass die Kaiju-Bedrohung weitaus komplexer ist als angenommen.

Ein zentrales Element der zweiten Staffel ist die Entwicklung des Kaiju-Hybriden "Boy", der sich zunehmend menschlicher verhält und eine tiefere Verbindung zu Hayley aufbaut. Seine Existenz wirft Fragen über die Natur der Kaiju und ihre mögliche Rolle in der Zukunft der Menschheit auf. Gleichzeitig wird die Beziehung zwischen Taylor und Hayley auf die Probe gestellt, da sie unterschiedliche Ansichten darüber haben, wie mit der Bedrohung umgegangen werden soll.

Die Staffel baut auf den Action- und Science-Fiction-Elementen der ersten Staffel auf, führt aber auch neue Charaktere und Konflikte ein, die die Handlung vorantreiben. Die finale Konfrontation in Sydney bringt die Handlung zu einem Höhepunkt, bei dem die Protagonisten schwierige Entscheidungen treffen müssen, um nicht nur ihr eigenes Schicksal, sondern auch das der Menschheit zu bestimmen. Die zweite Staffel schließt mit offenen Fragen und Andeutungen auf mögliche zukünftige Entwicklungen, während sie gleichzeitig die emotionalen und thematischen Bögen der Hauptfiguren abschließt.