"Yozakura Quartet" spielt in der fiktiven Stadt Sakurashin, in der Menschen und übernatürliche Wesen, sogenannte Youkai, friedlich zusammenleben. Die Stadt wird von einer Gruppe junger Beamter geschützt, die als Himeyuri-Büro bekannt ist. Diese Gruppe besteht aus vier Hauptfiguren: Akina Hiizumi, einem jungen Mann mit der Fähigkeit, Youkai in ihre ursprüngliche Form zurückzuversetzen; Hime Yarizakura, der Bürgermeisterin der Stadt, die über übermenschliche Kraft verfügt; Ao Nanami, einem Mädchen mit telepathischen Fähigkeiten, das mit zwei Füchsen namens Shino und Roku kommuniziert; und Kotoha Isone, die die Fähigkeit besitzt, Gegenstände durch das Aussprechen von Wörtern zu beschwören.

Die Handlung dreht sich um die Bemühungen des Himeyuri-Büros, die Harmonie zwischen Menschen und Youkai in Sakurashin aufrechtzuerhalten, während sie sich verschiedenen Bedrohungen stellen. Dazu gehören sowohl externe Feinde als auch interne Konflikte, die durch die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren entstehen. Ein wiederkehrendes Thema ist die Gefahr, die von mächtigen Youkai ausgeht, die die Balance der Stadt stören könnten. Akina spielt dabei eine zentrale Rolle, da seine Fähigkeit, Youkai zu "verweisen", entscheidend ist, um diese Bedrohungen zu neutralisieren.

Im Laufe der Serie werden die Hintergründe der Charaktere und ihre Verbindungen zueinander näher beleuchtet. Hime, die als Bürgermeisterin und Anführerin des Büros fungiert, hat eine besondere Beziehung zu den Youkai, da sie selbst halb Youkai ist. Ao, die als Vermittlerin zwischen Menschen und Youkai agiert, kämpft mit ihrer eigenen Identität und der Verantwortung, die ihre Fähigkeiten mit sich bringen. Kotoha, die zunächst als eher unbeschwerte Figur erscheint, zeigt im Laufe der Serie Tiefe und Komplexität, insbesondere in Bezug auf ihre Vergangenheit und ihre Beziehung zu den anderen Mitgliedern des Büros.

Die Serie kombiniert Action, übernatürliche Elemente und zwischenmenschliche Dynamiken, wobei die Charakterentwicklung und die Beziehungen zwischen den Protagonisten im Vordergrund stehen. Die Handlung wird durch eine Reihe von Bösewichten und Konflikten vorangetrieben, die die Fähigkeiten und den Zusammenhalt des Himeyuri-Büros auf die Probe stellen. Dabei werden Themen wie Identität, Verantwortung und das Zusammenleben verschiedener Kulturen und Spezies behandelt.