"Persona 3 the Movie #2 Midsummer Knight's Dream" setzt die Handlung des ersten Films fort und vertieft die Geschichte um die Protagonisten und ihre Beziehung zur mysteriösen "Dark Hour". Der Film spielt in der fiktiven Stadt Tatsumi Port Island, wo eine Gruppe von Schülern der Gekkoukan High School gegen Schatten kämpft, feindliche Wesen, die während der Dark Hour auftauchen. Der Protagonist, Makoto Yuki, ist ein stiller und zurückhaltender Schüler, der die Fähigkeit besitzt, einen "Persona" zu beschwören, eine Manifestation seiner inneren Kraft. Zusammen mit seinen Freunden, darunter Yukari Takeba, Junpei Iori, Mitsuru Kirijo und Akihiko Sanada, bildet er das "Specialized Extracurricular Execution Squad" (SEES), um die Bedrohung durch die Schatten zu bekämpfen.

Im zweiten Film liegt der Fokus auf der Entwicklung der Charaktere und ihrer Beziehungen zueinander, insbesondere auf Junpei Iori, der mit seinen eigenen Unsicherheiten und Gefühlen für eine neue Schülerin, Chidori Yoshino, kämpft. Chidori ist Mitglied einer rivalisierenden Gruppe, die ebenfalls gegen die Schatten kämpft, was zu Konflikten und moralischen Dilemmata führt. Die Handlung erkundet Themen wie Identität, Verlust und die Bedeutung von Freundschaft, während die Gruppe weiterhin gegen die Schatten vorgeht und versucht, das Geheimnis der Dark Hour zu lüften.

Ein zentrales Element des Films ist die Einführung des "Strega"-Trios, einer Gruppe von Persona-Nutzern, die sich gegen SEES stellen und deren Motive und Ziele im Laufe der Geschichte immer komplexer werden. Die Konfrontationen zwischen SEES und Strega führen zu intensiven Kämpfen und emotionalen Höhepunkten, die die Charaktere weiter entwickeln und die Handlung vorantreiben. Der Film endet mit einem Cliffhanger, der die Spannung für den nächsten Teil aufrechterhält und die Zuschauer auf die weiteren Entwicklungen in der Geschichte gespannt macht.