Die Anime-Film "Queen Millennia" basiert auf der Manga-Serie von Leiji Matsumoto und erzählt eine epische Science-Fiction-Geschichte, die sich um die mysteriöse Königin La Mu dreht. Die Handlung spielt in einer fernen Zukunft, in der die Erde von einer außerirdischen Bedrohung heimgesucht wird. La Mu, die seit Jahrtausenden auf der Erde lebt, gibt sich als menschliche Wissenschaftlerin aus, ist jedoch in Wirklichkeit die Herrscherin des Planeten La Metal. Ihr Ziel ist es, die Erde zu zerstören, um ihren eigenen Planeten zu retten, der von einer katastrophalen kosmischen Bedrohung bedroht wird.

Die Protagonistin der Geschichte ist Yukino Yayoi, eine junge Frau, die zufällig in die Pläne von La Mu verwickelt wird. Yukino entdeckt, dass sie eine Verbindung zu La Mu hat, da sie eine Nachfahrin der königlichen Familie von La Metal ist. Als La Mus Pläne immer deutlicher werden, schließt sich Yukino mit einer Gruppe von Wissenschaftlern und Freunden zusammen, um die Erde zu retten. Unter ihnen befindet sich auch Dr. Amamori, ein Wissenschaftler, der Yukino unterstützt und versucht, die wahren Absichten von La Mu aufzudecken.

Der Konflikt zwischen La Mus Pflicht gegenüber ihrem eigenen Volk und ihrer wachsenden Zuneigung zur Erde bildet das zentrale Thema des Films. La Mu steht vor der schwierigen Entscheidung, entweder ihre Heimatwelt zu retten oder die Erde und ihre Bewohner zu verschonen. Die Handlung wird durch dramatische Wendungen und emotionale Momente geprägt, die die moralischen Dilemmata der Charaktere verdeutlichen. Der Film endet mit einem epischen Finale, in dem die Schicksale der Erde und von La Metal auf dem Spiel stehen.