In der Welt von "Darker than BLACK" ereignete sich vor Jahren ein mysteriöses Phänomen, bekannt als "Höllentor", das über Südamerika erschien und den Himmel verzerrte. Gleichzeitig entstanden an verschiedenen Orten der Welt ähnliche Anomalien, die als "Himmelstore" bezeichnet wurden. Diese Ereignisse führten zur Entstehung von sogenannten "Vertragsnehmern" – Individuen, die übernatürliche Fähigkeiten besitzen, jedoch für deren Nutzung einen spezifischen "Preis" zahlen müssen. Diese Preise sind oft bizarre Handlungen, die von simplen Gewohnheiten bis hin zu selbstzerstörerischen Taten reichen.

Die Handlung konzentriert sich auf Hei, einen kalten und effizienten Vertragsnehmer, der unter dem Decknamen "BK-201" operiert. Er arbeitet als Auftragskiller für verschiedene Organisationen, darunter auch den Syndikat, eine undurchsichtige Gruppe, die Vertragsnehmer für ihre Zwecke einsetzt. Hei wird oft von seinem Team begleitet, darunter die Technikerin Yin, eine stille und rätselhafte Frau mit der Fähigkeit, durch Wasser zu sehen, und Huang, ein ehemaliger Polizist, der als Vermittler fungiert.

Die Serie folgt Hei bei seinen Missionen, die ihn in gefährliche Situationen und Konflikte mit anderen Vertragsnehmern, Regierungsbehörden und rivalisierenden Organisationen führen. Dabei wird nach und nach die komplexe Welt der Vertragsnehmer und die Geheimnisse hinter den Himmelstoren enthüllt. Eine zentrale Figur ist dabei Misaki Kirihara, eine Polizeiinspektorin, die Hei jagt, ohne seine wahre Identität zu kennen. Ihre Wege kreuzen sich immer wieder, wobei sich eine ambivalente Dynamik zwischen ihnen entwickelt.

Im Laufe der Serie werden die Hintergründe der Vertragsnehmer und die wahren Absichten des Syndikats immer deutlicher. Es wird offenbart, dass die Himmelstore und die damit verbundenen Phänomene Teil eines größeren, kosmischen Plans sind, der die Existenz der Menschheit bedroht. Hei muss sich nicht nur mit äußeren Feinden auseinandersetzen, sondern auch mit seiner eigenen Vergangenheit und den moralischen Dilemmata, die seine Rolle als Vertragsnehmer mit sich bringt.

"Darker than BLACK" verbindet Elemente des Action-Genres mit einer düsteren, dystopischen Atmosphäre und einer komplexen, mehrschichtigen Handlung. Die Charaktere sind vielschichtig und oft von inneren Konflikten geprägt, was der Serie eine zusätzliche Tiefe verleiht. Die Handlung ist geprägt von Intrigen, Verrat und der Suche nach Wahrheit in einer Welt, in der nichts so ist, wie es scheint.