James Vega entstammte einem schwierigen familiären Hintergrund. Sein Vater, Joshua Sanders, zog ihn in kriminelle Aktivitäten hinein, darunter ein Drogengeschäft in San Diego, bei dem James ein Paket holte, während er der Polizei entkam. Dies hätte seine militärischen Hoffnungen fast zunichtegemacht, doch sein Onkel Emilio Vega griff ein. Emilio überzeugte James, dass sein Vater ihn nicht melden würde, um sich nicht selbst zu belasten, und betonte, dass James allein über seinen zukünftigen Weg entscheide. Daraufhin trat James 2176 den Marines der Systems Alliance in Camp Pendleton bei.

Früh wurde er mit der Spezialeinheit Delta Squad in die abgelegene Kolonie Fehl Prime versetzt, wo er eine Invasion der Blood-Pack-Söldner unter Führung des Kroganers Archuk erlebte. Als ihr Shuttle abstürzte und Captain Toni kampfunfähig wurde, übernahm Leutnant Vega das Kommando. Er ersann eine taktische List und forderte Archuk zum Duell heraus, um abzulenken. Dies ermöglichte es seinen Kameraden Essex und Kamille, den Feind zu flankieren, während Milque sie aus der Deckung unterstützte. Obwohl schwer verwundet, überlebte Vega, als Milque Archuk tötete. Später verhinderte Vega, dass Essex den gefangenen Blood-Pack-Offizier Brood hinrichtete, und bestand auf dessen Status als Kriegsgefangener. Admiral Hackett ordnete an, dass Delta Squad dauerhaft als Sicherheitstruppe bleiben sollte – eine Entscheidung, die Vega zunächst ablehnte.

In den nächsten zwei Jahren baute Vega enge Bindungen zu den Kolonisten auf. Er entwickelte eine brüderliche Zuneigung zu der jungen April, trug sie oft auf seinen Schultern und unterstützte ihr spielerisches Interesse am Militärleben, das sie mit ihrer Mutter Christine teilte. Außerdem interessierte er sich romantisch für die Asari-Anthropologin Treeya Nuwani, doch seine unbeholfenen Annäherungsversuche sorgten für Spott im Team und stießen auf ihre Ahnungslosigkeit. Als die Kolonie ein mysteriöses Störsignal entdeckte, führte Vega Delta Squad zu einem außerirdischen Artefakt. Entgegen Treeyas Einwänden befahl er dessen Zerstörung aufgrund möglicher Bedrohungen. Dies erwies sich als weitsichtig, als ein Collectorschiff eintraf und Suchschwärme aussandte, die die meisten Kolonisten lähmten, darunter Captain Toni, Christine und April.

Als höchstrangiger einsatzfähiger Offizier übernahm Vega erneut das Kommando. Er plante, das Collectorschiff mit der Kolonieverteidigungskanone außer Gefecht zu setzen, doch Treeya plädierte für einen schwachen Schuss, um entführte Kolonisten nicht zu gefährden. Der abgeschwächte Schuss durchdrang die Schilde nicht, was zur Zerstörung der Kanone führte. Beim Rückzug unter Tage deckte das Team auf, dass der Kolonist Messner ein Cerberus-Agent war, der die Collector für ihre Technologie angelockt hatte. Vega entdeckte ein mögliches Gegenmittel gegen die Suchschwärme und verabreichte es heimlich seinem Team über gemeinsame Getränke. Nach einer Flucht mit Broods Hilfe führte Vega einen Angriff auf das Collectorschiff an. Essex fiel im Kampf gegen die Collector, und Messner verriet sie, indem er Prothean-Daten stahl, die die Pläne der Collector enthüllten, einen Human-Reaper zu erschaffen.

Vor einer entscheidenden Wahl entschied sich Vega, Treeya (die über Collector-Informationen verfügte) zu retten, anstatt die gelähmten Kolonisten zu evakuieren. Diese Entscheidung führte zum Tod der Kolonisten, als das Schiff auf Fehl Prime stürzte. Die Folgen ließen Vega von Schuldgefühlen geplagt zurück. Bei der Rückkehr zu den Ruinen der Kolonie brach er zusammen, als er Aprils Puppe fand, und legte sie zusammen mit seiner Medaille und ihrem Abzeichen an einem Mahnmal nieder. Trotz dieses Traumas ehrten ihn die Admiräle Anderson und Hackett auf der Citadel für die Sicherung wichtiger Collector-Informationen und informierten ihn über das Überleben von Commander Shepard, was ihm die Möglichkeit eröffnete, dem N7-Programm beizutreten. Vega wandelte seine Trauer in neuen Entschluss um und schwor, weiterzukämpfen – zum Gedenken an die Verlorenen von Fehl Prime.

James Vega