"Mass Effect: Paragon Lost" ist ein Anime-Film, der im Universum der "Mass Effect"-Spielereihe angesiedelt ist. Die Handlung konzentriert sich auf Lieutenant James Vega, einen Soldaten der Allianz, der eine Gruppe von Marines auf einer Mission zur Verteidigung einer Kolonie gegen eine Bedrohung durch die Collectors führt. Die Geschichte spielt vor den Ereignissen von "Mass Effect 2" und dient als Hintergrundgeschichte für Vegas Charakter.

Die Kolonie Fehl Prime wird von den Collectors angegriffen, einer mysteriösen außerirdischen Spezies, die Kolonisten entführt, um sie in eine biologische Substanz zu verwandeln. Vega und sein Team versuchen, die Kolonisten zu evakuieren und die Bedrohung zu stoppen. Dabei müssen sie sich nicht nur mit den Collectors auseinandersetzen, sondern auch mit internen Konflikten und moralischen Dilemmata, die ihre Entscheidungen beeinflussen.

Im Laufe der Mission wird deutlich, dass die Collectors ein größeres Ziel verfolgen, das über die Kolonie hinausgeht. Vega muss schwierige Entscheidungen treffen, um seine Truppen zu schützen und gleichzeitig das größere Übel zu bekämpfen. Dabei wird seine Loyalität, sein Führungsstil und seine moralische Integrität auf die Probe gestellt. Die Handlung beleuchtet auch die Beziehungen zwischen den Teammitgliedern und ihre individuellen Motivationen, was die Dynamik innerhalb der Gruppe verdeutlicht.

Der Film bietet Einblicke in die politischen und militärischen Spannungen innerhalb der Allianz und zeigt, wie die Bedrohung durch außerirdische Feinde die Menschheit vor neue Herausforderungen stellt. Durch die Charakterisierung von James Vega wird seine Entwicklung vom loyalen Soldaten zum verantwortungsbewussten Anführer dargestellt, was seine spätere Rolle in der "Mass Effect"-Reihe vorbereitet.