"MARS RED" spielt in einer alternativen Version des Japans der 1920er Jahre, in der Vampire eine reale Bedrohung darstellen. Die Regierung hat eine geheime Einheit namens "Code Zero" gegründet, die sich aus Vampiren und menschlichen Agenten zusammensetzt, um die zunehmende Bedrohung durch vampirische Aktivitäten zu bekämpfen. Die Handlung konzentriert sich auf die Mitglieder dieser Einheit, insbesondere auf den Hauptcharakter Yoshinobu Maeda, einen ehemaligen Soldaten, der durch einen mysteriösen Vorfall zum Vampir wurde. Maeda wird von seinem früheren Vorgesetzten, Major Nakajima, rekrutiert, um in Code Zero zu dienen.

Die Geschichte beginnt mit der Untersuchung einer Reihe von Vorfällen, bei denen Menschen unter dem Einfluss eines neuen, synthetischen Blutes namens "Ascra" zu Vampiren werden. Dieses Blut wird von einer mysteriösen Organisation verbreitet, die im Schatten operiert und deren Ziele unklar sind. Code Zero muss nicht nur die Bedrohung durch die neu entstandenen Vampire eindämmen, sondern auch die Machenschaften dieser Organisation aufdecken. Dabei stoßen sie auf eine komplexe Verschwörung, die bis in die höchsten Ebenen der Regierung reicht.

Zu den weiteren Hauptfiguren gehören Suwa, ein charismatischer und rätselhafter Vampir, der eine zentrale Rolle in der Einheit spielt, und Takeuchi, ein menschlicher Agent, der oft mit den moralischen Dilemmata seiner Arbeit konfrontiert ist. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind von Spannungen geprägt, insbesondere zwischen den menschlichen Mitgliedern der Einheit und den Vampiren, die trotz ihrer Zusammenarbeit oft Misstrauen und Vorurteile überwinden müssen.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus Action, politischen Intrigen und persönlichen Konflikten. Die Charaktere werden mit Fragen nach Identität, Loyalität und der Natur des Menschseins konfrontiert, während sie gegen die wachsende Bedrohung kämpfen. Die Geschichte nimmt eine düstere und atmosphärische Wendung, als die wahren Absichten der Organisation hinter Ascra und ihre Verbindung zu den Vampiren ans Licht kommen. Die Handlung gipfelt in einem Konflikt, der nicht nur das Schicksal von Code Zero, sondern auch die Zukunft Japans selbst bestimmt.