"MARS RED" spielt im Jahr 1923 in Tokio und verbindet historische Elemente mit einer übernatürlichen Handlung. Die Geschichte beginnt mit dem Auftreten mysteriöser Vampire, die die Stadt bedrohen. Die japanische Regierung reagiert darauf mit der Gründung einer geheimen Einheit namens "Code Zero", die aus Vampiren besteht, die für die Regierung arbeiten. Diese Einheit soll die Bedrohung durch andere Vampire eindämmen und die öffentliche Ordnung aufrechterhalten.

Der Protagonist, Yoshinobu Maeda, ist ein ehemaliger Soldat, der während des Russisch-Japanischen Krieges zum Vampir wurde. Er wird in Code Zero rekrutiert und arbeitet eng mit anderen Mitgliedern der Einheit zusammen, darunter der charismatische Anführer Takeuchi, die geheimnisvolle Suwa und der junge, aber talentierte Aoi. Jedes Mitglied der Einheit hat eine eigene Motivation und Vergangenheit, die im Laufe der Serie näher beleuchtet wird.

Die Handlung entwickelt sich um die Entdeckung eines neuen, künstlich hergestellten Blutes namens "Ascra", das Vampiren ermöglicht, ohne menschliche Opfer zu überleben. Dies führt zu Konflikten innerhalb der Vampirgemeinschaft, da einige das Blut als Chance sehen, während andere es als Bedrohung für ihre Existenz betrachten. Gleichzeitig wird die Beziehung zwischen Menschen und Vampiren zunehmend angespannt, da die Regierung versucht, die Kontrolle über die Situation zu behalten.

Im Verlauf der Serie werden die Charaktere mit moralischen Dilemmata konfrontiert, die ihre Loyalität und Menschlichkeit auf die Probe stellen. Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, persönlichen Tragödien und der Frage, was es bedeutet, in einer Welt zu leben, in der die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen. Die Serie endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Komplexität der Charaktere und ihrer Entscheidungen unterstreicht.