"Kaiju No. 8" spielt in einer Welt, in der menschenfressende Monster, bekannt als Kaiju, regelmäßig Japan bedrohen. Um diese Bedrohung zu bekämpfen, wurde die Japanische Verteidigungsstreitmacht gegründet, eine militärische Organisation, die sich auf die Vernichtung von Kaiju spezialisiert hat. Die Handlung dreht sich um Kafka Hibino, einen 32-jährigen Mann, der seit seiner Kindheit davon träumt, der Verteidigungsstreitmacht beizutreten und Kaiju zu bekämpfen. Nach mehreren gescheiterten Versuchen arbeitet er stattdessen in einem Unternehmen, das sich auf die Beseitigung von Kaiju-Leichen spezialisiert hat.

Kafkas Leben ändert sich schlagartig, als er während eines Einsatzes von einem kleinen Kaiju angegriffen wird, das in seinen Körper eindringt und ihn in ein menschliches Kaiju verwandelt. Trotz seiner neuen Fähigkeiten und gesteigerten Kräfte bleibt Kafka bei Bewusstsein und behält seine menschliche Persönlichkeit. Er beschließt, seine neue Form zu nutzen, um seinen Traum zu verwirklichen und der Verteidigungsstreitmacht beizutreten. Unter dem Decknamen "Kaiju No. 8" kämpft er nun gegen andere Kaiju, während er gleichzeitig versucht, seine wahre Identität geheim zu halten.

Ein zentraler Aspekt der Handlung ist Kafkas Beziehung zu Mina Ashiro, seiner Kindheitsfreundin und einer hochrangigen Offizierin der Verteidigungsstreitmacht. Mina ist eine der stärksten Kämpferinnen gegen die Kaiju und verkörpert das Ideal, dem Kafka nacheifert. Ihre gemeinsame Vergangenheit und Kafkas neuer Status als Kaiju schaffen eine komplexe Dynamik zwischen den beiden.

Die Serie thematisiert auch die Hierarchien und Herausforderungen innerhalb der Verteidigungsstreitmacht. Kafka muss sich neben anderen Rekruten beweisen, darunter Reno Ichikawa, ein junger und ehrgeiziger Kämpfer, der Kafkas Entschlossenheit bewundert. Die Ausbildung und Einsätze der Rekruten werden detailliert dargestellt, wobei die Gefahren und moralischen Dilemmata im Kampf gegen die Kaiju im Vordergrund stehen.

Ein wiederkehrendes Motiv ist die Frage nach der Natur der Kaiju und ihrer Beziehung zur Menschheit. Die Serie erforscht, wie die Grenzen zwischen Mensch und Monster verschwimmen können, insbesondere durch Kafkas Transformation. Gleichzeitig wird die Bedrohung durch immer mächtigere Kaiju immer größer, was die Verteidigungsstreitmacht vor neue Herausforderungen stellt.

"Kaiju No. 8" kombiniert Action, Science-Fiction und Charakterentwicklung, wobei die Spannung durch Kafkas doppelte Identität und die ständige Gefahr durch die Kaiju aufrechterhalten wird. Die Handlung bleibt eng mit den persönlichen Zielen und Konflikten der Charaktere verbunden, während sie gleichzeitig die größeren gesellschaftlichen und existenziellen Fragen im Zusammenhang mit den Kaiju beleuchtet.