Die Mangaserie "My Friend's Little Sister Has It In for Me!" handelt von Akiteru Takamine, einem Highschool-Schüler und angehenden Light-Novel-Autor, der unter einem Pseudonym schreibt. Er lebt ein zurückgezogenes Leben und versucht, seine Identität als Autor geheim zu halten. Seine beste Freundin, Mashiro Shiromaru, ist eine talentierte Illustratorin, die ihn bei seinen Werken unterstützt. Die beiden arbeiten eng zusammen, ohne dass ihre Mitschüler von ihrer kreativen Tätigkeit erfahren.

Die Handlung nimmt eine Wendung, als Mashiros jüngere Schwester, Iroha Shiromaru, in die Schule von Akiteru und Mashiro wechselt. Iroha ist eine lebhafte und selbstbewusste Schülerin, die Akiteru scheinbar aus unerklärlichen Gründen ständig ärgert und provoziert. Sie scheint ein besonderes Interesse daran zu haben, ihn in peinliche Situationen zu bringen, und nutzt jede Gelegenheit, um ihn zu necken. Trotz ihrer scheinbar feindseligen Haltung deutet sich an, dass Iroha tiefere Gefühle für Akiteru hegt, die sie jedoch nicht offen zeigen möchte.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Iroha nicht nur Akiteru, sondern auch ihre Schwester Mashiro auf die Probe stellt. Die Beziehung zwischen den drei Charakteren wird zunehmend komplex, da Iroha versucht, Akiterus Aufmerksamkeit zu gewinnen, während Mashiro ihre eigenen Gefühle für ihn zu verbergen scheint. Die Dynamik zwischen den Geschwistern und Akiteru führt zu humorvollen, aber auch emotional aufgeladenen Situationen, die die Handlung vorantreiben.

Neben der romantischen Spannung spielt auch das Thema der kreativen Zusammenarbeit eine zentrale Rolle. Akiteru und Mashiro arbeiten weiterhin an ihren Light Novels, während Iroha versucht, sich in ihre Welt einzumischen. Die Serie kombiniert romantische Komödie mit Elementen des Schulalltags und der kreativen Arbeit, wobei die Charaktere durch ihre Interaktionen und Konflikte weiterentwickelt werden.