"Super Dimensional Fortress Macross II: The Movie" (OVA) spielt 80 Jahre nach den Ereignissen des ursprünglichen "Macross"-Krieges. Die Menschheit hat sich im gesamten Sonnensystem ausgebreitet und lebt in relativer Friedenszeit. Die Geschichte beginnt mit der Rückkehr der mysteriösen Zivilisation der Marduk, einer außerirdischen Rasse, die einst von den Protodeviln besiegt wurde. Die Marduk, angeführt von der charismatischen Ishtar, greifen die Erde an, um die Kontrolle über die Protoculture-Technologie zu erlangen, die für ihre eigene Existenz von entscheidender Bedeutung ist.

Die Vereinte Regierung der Erde setzt die Kampfpiloten Hibiki Kanzaki und Sylvie Gena ein, um die Bedrohung abzuwehren. Hibiki, ein unerfahrener Journalist, wird versehentlich in den Konflikt hineingezogen, als er während eines Angriffs der Marduk auf eine Militärbasis gerät. Dort trifft er auf Sylvie, eine erfahrene Pilotin, die ihn in den Kampf gegen die Invasoren einweist. Zusammen mit der mysteriösen Sängerin Ingrid, die eine wichtige Rolle in der Verteidigung der Erde spielt, kämpfen sie gegen die übermächtigen Feinde.

Die Handlung vertieft sich in die Beziehung zwischen Hibiki und Ishtar, die sich trotz ihrer gegensätzlichen Loyalitäten zueinander hingezogen fühlen. Ishtar, die als Priesterin der Marduk dient, beginnt, die Absichten ihrer eigenen Rasse in Frage zu stellen, insbesondere als sie die Menschlichkeit und die Kraft der Musik entdeckt, die eine zentrale Rolle im "Macross"-Universum spielt. Die Musik, verkörpert durch Ingrids Gesang, wird zu einer Waffe gegen die Marduk, da sie deren Technologie stört und ihre Angriffe schwächt.

Der Konflikt eskaliert, als die Marduk ihre ultimative Waffe, den "Macross Cannon", aktivieren, um die Erde zu zerstören. Hibiki, Sylvie und Ingrid müssen ihre Kräfte bündeln, um die Waffe zu deaktivieren und die Marduk zu besiegen. In einem dramatischen Finale gelingt es ihnen, die Bedrohung abzuwenden, während Ishtar sich entscheidet, auf der Seite der Menschheit zu stehen und ihre eigene Rasse zu hinterfragen.

Die OVA bietet eine Mischung aus actionreichen Raumkämpfen, politischen Intrigen und emotionalen Beziehungen, die die komplexe Dynamik zwischen den verschiedenen Fraktionen und Charakteren beleuchten. Die Geschichte bleibt eng mit den zentralen Themen des "Macross"-Franchise verbunden, darunter die Macht der Musik, die Bedeutung von Verständnis zwischen verschiedenen Kulturen und die moralischen Dilemmata im Krieg.