In "Shin Chan Spin-off Vol. 1: Aliens vs. Shinnosuke" wird die Geschichte des fünfjährigen Shinnosuke Nohara erzählt, der sich plötzlich mit einer außerirdischen Bedrohung konfrontiert sieht. Die Handlung beginnt damit, dass Shinnosuke und seine Familie, bestehend aus seiner Mutter Misae, seinem Vater Hiroshi und seiner kleinen Schwester Himawari, ihren Alltag in Kasukabe verbringen. Eines Tages landet ein UFO in der Nähe ihres Hauses, und eine Gruppe von Außerirdischen, angeführt von einem mysteriösen Anführer, beginnt, die Stadt zu infiltrieren. Die Aliens haben es auf Shinnosuke abgesehen, da sie glauben, dass er eine besondere Kraft besitzt, die sie für ihre eigenen Zwecke nutzen können.

Shinnosuke, der zunächst unbeeindruckt von der Situation scheint, wird schnell in die Ereignisse hineingezogen. Mit seiner typischen Mischung aus Naivität und Schläue versucht er, die Aliens zu überlisten. Unterstützung erhält er dabei von seinen Freunden, darunter Kazama, Nene und Masao, sowie von seiner Familie, die trotz ihrer oft chaotischen und humorvollen Dynamik zusammenhalten. Die Aliens setzen verschiedene Taktiken ein, um Shinnosuke zu fangen, darunter Verkleidungen, Täuschungen und sogar den Einsatz von Technologie, die die Realität verzerrt.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich eine Reihe von humorvollen und absurden Situationen, die typisch für die "Shin Chan"-Reihe sind. Shinnosuke nutzt seine kindliche Unberechenbarkeit, um die Pläne der Aliens zu durchkreuzen, oft auf unkonventionelle und unerwartete Weise. Die Aliens hingegen zeigen sich zunehmend frustriert von Shinnosukes Fähigkeit, ihre Pläne zu vereiteln, was zu einer Reihe von komischen Konfrontationen führt.

Die Handlung gipfelt in einem finalen Showdown, bei dem Shinnosuke und seine Freunde die Aliens direkt herausfordern. Mit einer Mischung aus Glück, Einfallsreichtum und der Unterstützung seiner Familie gelingt es Shinnosuke schließlich, die Aliens zu besiegen und die Stadt Kasukabe zu retten. Die Geschichte endet mit einer Rückkehr zur Normalität, wobei die Erinnerung an die außerirdische Begegnung als eine weitere skurrile Episode in Shinnosukes Leben bleibt.