"Genshiken Nidaime" (OVA) setzt die Geschichte des Genshiken-Clubs fort, einem Universitätsclub, der sich mit Otaku-Kultur, Manga, Anime und Videospielen beschäftigt. Die Handlung konzentriert sich auf die neue Generation von Mitgliedern, die nach dem Abschluss der ursprünglichen Gruppe den Club übernommen haben. Im Mittelpunkt steht dabei Madarame, ein ehemaliges Mitglied, das nun als Berater fungiert, sowie die neuen Mitglieder, darunter Hato, ein crossdressender Künstler, und Sue, eine ausländische Austauschstudentin mit einer Vorliebe für Cosplay.

Die OVA vertieft die Dynamik zwischen den Charakteren, insbesondere die Beziehung zwischen Madarame und Hato, die von komplexen Gefühlen und Unsicherheiten geprägt ist. Hato, der sich oft in weiblicher Kleidung präsentiert, sorgt für Verwirrung und Spannung innerhalb der Gruppe, da seine Identität und seine Absichten nicht immer klar sind. Gleichzeitig wird Madarames innere Zerrissenheit thematisiert, da er mit seinen eigenen Gefühlen und seiner Rolle im Club kämpft.

Die Handlung der OVA beleuchtet auch die alltäglichen Aktivitäten des Clubs, wie das Diskutieren über Anime, das Zeichnen von Doujinshi und die Vorbereitung auf Messen. Dabei wird der Fokus auf die zwischenmenschlichen Beziehungen und die Entwicklung der Charaktere gelegt, wobei humorvolle und emotionale Momente gleichermaßen präsent sind. Die OVA dient als Ergänzung zur Hauptserie und bietet Einblicke in die fortlaufenden Herausforderungen und Freuden des Clublebens, während sie gleichzeitig die individuellen Geschichten der Charaktere weiterentwickelt.