In "Naruto, der Flaschengeist und die drei Wünsche, glaub es!" wird Naruto Uzumaki, ein junger Ninja aus dem Dorf Konohagakure, in ein unerwartetes Abenteuer verwickelt, als er auf eine mysteriöse Flasche stößt. Beim Öffnen der Flasche wird ein mächtiger Flaschengeist freigelassen, der Naruto drei Wünsche gewährt. Naruto, bekannt für seine impulsiven Entscheidungen, nutzt die Wünsche zunächst für scheinbar unbedeutende Dinge, was zu einer Reihe von komischen und chaotischen Situationen führt.

Der Flaschengeist, der sich als trickreich und manipulativ erweist, stellt Naruto vor Herausforderungen, die ihn dazu zwingen, über seine wahren Wünsche und Ziele nachzudenken. Während Naruto mit den Konsequenzen seiner Wünsche kämpft, wird er von seinen Freunden Sakura Haruno und Sasuke Uchiha unterstützt, die versuchen, ihm zu helfen, die Kontrolle über die Situation zurückzugewinnen. Die Handlung entwickelt sich zu einer Mischung aus Action, Humor und emotionalen Momenten, während Naruto lernt, Verantwortung für seine Entscheidungen zu übernehmen.

Ein zentrales Thema des Films ist die Bedeutung von Freundschaft und die Erkenntnis, dass wahre Stärke nicht durch magische Wünsche, sondern durch harte Arbeit und Entschlossenheit erlangt wird. Die Charaktere werden in Situationen gebracht, die ihre Beziehungen und ihren Charakter auf die Probe stellen, während sie gemeinsam gegen den Flaschengeist und dessen Täuschungen ankämpfen. Der Film bietet eine abgeschlossene Geschichte, die sowohl Fans der Serie als auch neue Zuschauer anspricht, und bleibt dabei dem Geist der "Naruto"-Welt treu.