"Initial D - Second Stage" setzt die Geschichte des jungen Rennfahrers Takumi Fujiwara fort, der in der fiktiven Region Gunma lebt. Takumi, der zunächst nur widerwillig als Fahrer für das Familienunternehmen, einen Tofu-Laden, arbeitet, hat sich inzwischen einen Namen als talentierter Straßenrennfahrer gemacht. Seine Fähigkeiten am Steuer seines Toyota AE86 Trueno haben ihn zu einem gefürchteten Gegner auf den kurvenreichen Bergstraßen gemacht.

Die Handlung konzentriert sich auf Takumis weitere Entwicklung als Rennfahrer und seine Konfrontationen mit neuen Herausforderungen. In dieser Staffel tritt er gegen die "Emperor", ein Team von professionellen Rennfahrern aus der Region Saitama, an. Deren Anführer, Kyoichi Sudo, ist ein erfahrener und technisch versierter Fahrer, der Takumi in einem Duell auf dem Berg Akagi herausfordert. Dieses Rennen wird zu einem der Höhepunkte der Staffel und testet Takumis Fähigkeiten und seine mentale Stärke.

Parallel dazu wird Takumis Beziehung zu Natsuki Mogi weiter vertieft. Natsuki, die in der ersten Staffel als Takumis Freundin eingeführt wurde, hat jedoch ein Geheimnis, das ihre Beziehung belastet. Ihre Verbindung zu einem älteren Mann, der sie finanziell unterstützt, kommt ans Licht und führt zu Spannungen zwischen den beiden. Diese persönliche Krise beeinflusst Takumis Fokus und seine Einstellung zum Rennsport.

Ein weiterer wichtiger Aspekt der Staffel ist die Einführung neuer Charaktere, darunter der mysteriöse Rennfahrer Ryosuke Takahashi, der Takumi als potenziellen Rivalen und zukünftigen Teamkollegen ins Visier nimmt. Ryosuke, der Anführer des "Red Suns"-Teams, erkennt Takumis Potenzial und plant, ihn in sein Projekt "Project D" einzubinden, das darauf abzielt, die besten Straßenrennfahrer Japans zu vereinen.

Die Rennen in "Initial D - Second Stage" sind intensiv und technisch detailliert dargestellt, wobei der Fokus auf der Fahrphysik und den Strategien der Fahrer liegt. Die Staffel vertieft auch die Hintergründe der Charaktere und zeigt, wie ihre persönlichen Konflikte und Motivationen ihre Leistungen auf der Straße beeinflussen. Takumis Wachstum als Fahrer und als Person steht im Mittelpunkt, während er sich neuen Gegnern und inneren Herausforderungen stellt.