".hack//Quantum" ist eine dreiteilige OVA-Serie, die in der virtuellen MMORPG-Welt "The World R:2" spielt. Die Handlung konzentriert sich auf drei Spielerinnen, die sich im Spiel als Gruppe "Canard" zusammenschließen: Sakuya, eine erfahrene Spielerin und Anführerin der Gruppe; Maryke, eine ruhige und analytische Spielerin; und Tobari, eine energiegeladene und impulsive Kämpferin. Die drei erkunden gemeinsam das Spiel und stoßen dabei auf mysteriöse Phänomene, die die Grenze zwischen der virtuellen und der realen Welt verschwimmen lassen.

Im Laufe der Serie geraten die Protagonistinnen in eine Reihe von unerklärlichen Vorfällen, darunter das Auftauchen von seltsamen Monstern, die nicht Teil des regulären Spiels sind, sowie das Verschwinden von Spielern, die im realen Leben in ein Koma fallen. Diese Ereignisse stehen im Zusammenhang mit einem geheimen Experiment, das von einer Gruppe namens "Crimson VS" durchgeführt wird. Diese Gruppe nutzt das Spiel, um die Auswirkungen von Datenmanipulation auf das menschliche Bewusstsein zu erforschen, was zu gefährlichen Konsequenzen führt.

Die Charaktere müssen sich nicht nur mit den Bedrohungen innerhalb des Spiels auseinandersetzen, sondern auch mit den moralischen und emotionalen Herausforderungen, die sich aus der Vermischung von Realität und Virtualität ergeben. Sakuya, Maryke und Tobari arbeiten zusammen, um die Wahrheit hinter den mysteriösen Vorfällen aufzudecken und die betroffenen Spieler zu retten. Dabei werden sie mit ihren eigenen Ängsten und Unsicherheiten konfrontiert, was ihre Beziehungen zueinander und ihre Entschlossenheit auf die Probe stellt.

Die Serie verbindet Elemente von Mystery, Science-Fiction und Action, während sie gleichzeitig die Auswirkungen von Technologie und virtuellen Welten auf das menschliche Leben thematisiert. Die Handlung bleibt eng an den Charakteren und ihren persönlichen Entwicklungen orientiert, während sie die größeren Zusammenhänge der Geschichte allmählich enthüllt.