"Puella Magi Madoka Magica The Movie Part 3: Rebellion" setzt die Handlung der Serie fort und vertieft die komplexe Mythologie der Magischen Mädchen. Die Geschichte beginnt in einer scheinbar idyllischen Welt, in der Madoka Kaname, Homura Akemi und ihre Freunde ein friedliches Leben führen. Diese Realität wirkt jedoch unnatürlich und fragil, da Homura sich an Ereignisse erinnert, die nicht mit der aktuellen Situation übereinstimmen. Sie beginnt, Zweifel an der Echtheit ihrer Umgebung zu hegen.

Im Laufe der Handlung wird enthüllt, dass sich die Gruppe in einem Labyrinth befindet, das von einer mächtigen Hexe erschaffen wurde. Diese Hexe stellt eine Bedrohung für die Magischen Mädchen dar, da sie ihre Erinnerungen manipuliert und sie in einer falschen Realität gefangen hält. Homura, die sich ihrer Vergangenheit und ihrer Verbindung zu Madoka bewusst wird, beschließt, die Wahrheit zu enthüllen und ihre Freunde zu retten. Dabei stößt sie auf Kyubey, das Wesen, das Magische Mädchen erschafft, und erfährt, dass ihre aktuelle Situation Teil eines größeren Plans ist, um die Macht von Madoka, die inzwischen zu einer gottähnlichen Existenz geworden ist, zu kontrollieren.

Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als Homura beschließt, die Regeln der Realität zu brechen, um Madoka zu schützen. Sie nutzt ihre eigenen Kräfte, um die Welt neu zu gestalten und die Machtverhältnisse zwischen den Magischen Mädchen, Kyubey und den Hexen zu verändern. Dies führt zu einem Konflikt zwischen Homura und Madoka, da ihre Vorstellungen von Gerechtigkeit und Schutz gegensätzlich sind. Homuras Entscheidung, die Kontrolle über die Realität zu übernehmen, hat weitreichende Konsequenzen für alle Beteiligten und verändert die Dynamik der Beziehungen zwischen den Charakteren.

Die Charaktere sind zentral für die Handlung: Madoka verkörpert Selbstlosigkeit und Opferbereitschaft, während Homura von ihrem Wunsch getrieben wird, Madoka zu beschützen, selbst wenn dies bedeutet, gegen deren eigenen Willen zu handeln. Kyubey bleibt ein rätselhaftes Wesen, das die Magischen Mädchen für seine eigenen Zwecke manipuliert. Die anderen Magischen Mädchen, wie Sayaka Miki und Mami Tomoe, spielen ebenfalls wichtige Rollen, da sie zwischen den Konflikten der Hauptcharaktere gefangen sind.

Die Handlung von "Rebellion" ist geprägt von psychologischen und philosophischen Themen, die die Natur von Realität, Identität und Moral erforschen. Die komplexe Erzählstruktur und die Entwicklung der Charaktere machen den Film zu einem zentralen Bestandteil des "Puella Magi Madoka Magica"-Universums.