"Puella Magi Madoka Magica the Movie Part 1: Beginnings" ist eine filmische Adaption der ersten acht Episoden der gleichnamigen Anime-Serie. Die Handlung dreht sich um Madoka Kaname, ein junges Mädchen, das ein normales Leben führt, bis sie auf ein mysteriöses Wesen namens Kyubey trifft. Kyubey bietet Madoka und ihrer Freundin Sayaka Miki die Möglichkeit, Magical Girls zu werden, indem es ihnen einen Wunsch erfüllt. Im Gegenzug müssen sie gegen Hexen kämpfen, böswillige Wesen, die für menschliches Leid verantwortlich sind.

Madoka ist zunächst unsicher, ob sie den Vertrag mit Kyubey eingehen soll, während Sayaka sich entscheidet, den Wunsch zu nutzen, um ihren verletzten Freund zu heilen. Eine erfahrene Magical Girl namens Mami Tomoe nimmt die beiden unter ihre Fittiche und zeigt ihnen, wie man Hexen bekämpft. Allerdings wird die scheinbar heldenhafte Rolle der Magical Girls durch die Einführung von Homura Akemi, einer rätselhaften und distanzierten Magical Girl, in Frage gestellt. Homura warnt Madoka davor, den Vertrag mit Kyubey zu schließen, und deutet an, dass die Realität der Magical Girls weitaus düsterer ist, als sie scheint.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass der Preis für die Erfüllung eines Wunsches und die Verwandlung in eine Magical Girl hoch ist. Die Magical Girls müssen nicht nur gegen Hexen kämpfen, sondern auch ihre eigene Seele opfern, die in einen sogenannten Soul Gem eingeschlossen wird. Diese Enthüllung wirft moralische und existenzielle Fragen auf, während die Charaktere mit den Konsequenzen ihrer Entscheidungen konfrontiert werden. Der Film endet mit einem dramatischen Höhepunkt, der die Beziehungen zwischen den Charakteren und die Gefahren ihrer neuen Realität vertieft.