"Genshiken: Second Generation" ist eine Fortsetzung der ursprünglichen "Genshiken"-Serie und setzt die Geschichte des Clubs für moderne visuelle Studien (Genshiken) an der fiktiven Shiiou-Universität fort. Die Handlung konzentriert sich auf eine neue Generation von Clubmitgliedern, die sich mit Otaku-Kultur, Anime, Manga und Videospielen beschäftigen. Während einige Charaktere aus der ersten Serie, wie Madarame und Ogiue, weiterhin eine Rolle spielen, rücken neue Figuren in den Vordergrund.

Die Serie beginnt mit der Einführung von Hato Kenjirou, einem androgynen Cosplayer, der sich oft als Frau verkleidet und sich selbst als Crossdresser identifiziert. Hato tritt dem Club bei und sorgt für einige Verwirrung und Spannung unter den Mitgliedern, insbesondere bei Madarame, der mit Hatos Ambivalenz und seiner eigenen Unsicherheit im Umgang mit ihm kämpft. Ogiue, die nun die Präsidentin des Clubs ist, versucht, die Gruppe zusammenzuhalten, während sie sich mit ihren eigenen Gefühlen und der Dynamik zwischen den Mitgliedern auseinandersetzt.

Ein weiterer neuer Charakter ist Yoshitake Rika, eine begeisterte Modellbauerin, die sich auf die Herstellung von Figuren spezialisiert hat. Sie bringt eine pragmatische und oft sarkastische Perspektive in den Club ein. Suzuhara Yajima, eine Freundin von Yoshitake, ist eine eher zurückhaltende und skeptische Person, die sich langsam in die Otaku-Kultur einfindet. Beide ergänzen die Gruppe und tragen zu den Diskussionen und Aktivitäten des Clubs bei.

Die Handlung erkundet die Herausforderungen und Freuden des Otaku-Lebens, wobei der Fokus auf den zwischenmenschlichen Beziehungen und der persönlichen Entwicklung der Charaktere liegt. Themen wie Identität, Akzeptanz und die Komplexität von Freundschaften werden durch die Interaktionen der Figuren dargestellt. Madarames unerwiderte Gefühle für Ogiue und seine Unsicherheiten im Umgang mit Hato spielen eine zentrale Rolle, während Ogiue versucht, ihre Position als Clubpräsidentin und ihre Beziehung zu Madarame in Einklang zu bringen.

Die Serie behält den humorvollen und oft selbstironischen Ton der ursprünglichen "Genshiken"-Serie bei, während sie gleichzeitig tiefer in die psychologischen und emotionalen Aspekte der Charaktere eintaucht. Die Handlung wird durch episodische Ereignisse vorangetrieben, die oft um Clubaktivitäten wie das Besuchen von Conventions, das Diskutieren von Anime und Manga oder das Spielen von Videospielen kreisen. Dabei wird die Entwicklung der Charaktere und ihrer Beziehungen zueinander kontinuierlich weiterentwickelt.

"Genshiken: Second Generation" bietet eine Mischung aus Comedy, Drama und Slice-of-Life-Elementen, die sowohl für Fans der ursprünglichen Serie als auch für neue Zuschauer zugänglich ist. Die Serie reflektiert die sich wandelnde Otaku-Kultur und die Herausforderungen, die mit dem Erwachsenwerden und der Selbstfindung einhergehen.