"Gibiate" spielt in einer postapokalyptischen Welt im Jahr 2030, in der eine mysteriöse Krankheit namens "Gibiate" die Menschheit bedroht. Die Krankheit verwandelt Infizierte in monströse Kreaturen, die je nach Umgebung und genetischer Veranlagung unterschiedliche Formen annehmen. Die Überlebenden müssen sich gegen diese Kreaturen und die zunehmende Zerstörung ihrer Welt behaupten.

Die Handlung beginnt mit der Ankunft zweier Samurai aus der Edo-Zeit, Kenroku Sanada und Senju, die durch eine Zeitreise in die Gegenwart gelangen. Sie werden von einem Wissenschaftler namens Dr. Yoshinaga und seiner Assistentin Kathleen aufgenommen, die versuchen, ein Heilmittel für die Gibiate-Krankheit zu entwickeln. Zusammen schließen sie sich einer Gruppe von Überlebenden an, darunter der ehemalige Yakuza-Mann Yukiatsu, die Kämpferin Ayame und der mysteriöse Krieger Sensui.

Die Gruppe durchquert eine verwüstete Landschaft, kämpft gegen die Gibiate-Kreaturen und sucht nach Ressourcen und Sicherheit. Dabei stoßen sie auf verschiedene Fraktionen von Überlebenden, darunter fanatische Sekten und skrupellose Banditen, die ihre eigenen Ziele verfolgen. Konflikte entstehen nicht nur durch äußere Bedrohungen, sondern auch durch die unterschiedlichen Hintergründe und Motivationen der Charaktere. Kenroku und Senju müssen sich mit der fremden Welt und ihren Technologien auseinandersetzen, während sie gleichzeitig ihre eigenen Werte und Kampffähigkeiten einbringen.

Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Gibiate-Krankheit möglicherweise von einer außerirdischen Quelle stammt, was die Bedrohung noch komplexer macht. Die Charaktere müssen nicht nur um ihr Überleben kämpfen, sondern auch die wahren Ursachen der Katastrophe aufdecken und eine Lösung finden, um die Menschheit zu retten. Die Handlung verbindet Elemente des Action-Genres mit historischen und science-fiction-Einflüssen, wobei die Charakterentwicklung und ihre Beziehungen zueinander im Mittelpunkt stehen.