"Sword Art Online: Alicization - War of Underworld Part 2" setzt die Handlung des vorherigen Teils fort und konzentriert sich auf den finalen Konflikt im Underworld, einer virtuellen Welt, die von menschlichen Erinnerungen und KI-gesteuerten Bewohnern, den sogenannten "Fluctlights", bevölkert wird. Die Geschichte spielt inmitten eines Krieges zwischen den menschlichen Verteidigern des Underworld und den Dark Territory-Armeen, die von der künstlichen Intelligenz Gabriel Miller (auch bekannt als Vassago) angeführt werden. Kirito, der Protagonist, befindet sich nach den Ereignissen des vorherigen Teils in einem komatösen Zustand, während seine Freunde und Verbündeten versuchen, ihn zu schützen und gleichzeitig den Krieg zu gewinnen.

Asuna, Kiritos engste Vertraute, spielt eine zentrale Rolle, da sie in den Underworld eintritt, um Kirito zu retten und die Verteidigung der menschlichen Seite zu stärken. Sie verbündet sich mit Alice, einer Ritterin und ehemaligen KI, die sich gegen ihre Programmierung gestellt hat, um für die Menschlichkeit zu kämpfen. Gemeinsam führen sie die menschlichen Truppen an und versuchen, die übermächtigen Feinde aus dem Dark Territory aufzuhalten. Gleichzeitig kämpfen auch andere Charaktere wie Sinon, Leafa und Klein, die von der realen Welt aus in den Underworld eingreifen, um ihre Freunde zu unterstützen.

Der Konflikt eskaliert, als Gabriel Miller, der im realen Leben ein gefährlicher Verbrecher ist, versucht, den Underworld zu zerstören und Kiritos Bewusstsein zu übernehmen. Seine Motivation ist es, die Geheimnisse des menschlichen Bewusstseins zu erforschen und zu manipulieren. Die Schlachten werden immer intensiver, und die Grenzen zwischen realer und virtueller Welt verschwimmen, als die Auswirkungen des Krieges auch auf die reale Welt übergreifen. Die Serie thematisiert dabei Fragen nach der Natur des Bewusstseins, der Ethik künstlicher Intelligenz und der Bedeutung von Menschlichkeit.

Im finalen Höhepunkt erwacht Kirito aus seinem Koma und kehrt in den Kampf zurück, um seine Freunde zu retten und den Underworld vor der Zerstörung zu bewahren. Die Handlung gipfelt in einem emotionalen und actionreichen Finale, das die Schicksale der Hauptcharaktere entscheidet und den langen Konflikt im Underworld abschließt. Die Serie verbindet dabei intensive Kampfszenen mit tiefgreifenden Charakterentwicklungen und thematischen Tiefen, die die bisherigen Handlungsstränge der "Sword Art Online"-Reihe zusammenführen.