"Jubei-Chan 2: The Counterattack of Siberia Yagyu" ist eine Fortsetzung der Anime-Serie "Jubei-Chan: The Ninja Girl" und setzt die Geschichte der Protagonistin Jiyu Nanohana fort. Nach den Ereignissen der ersten Staffel kehrt Jiyu in ihr normales Leben zurück, doch die Ruhe währt nicht lange. Die Yagyu-Familie, eine Gruppe von Ninjas, die seit Generationen einen mystischen Helm namens "Lovely Eyepatch" beschützen, wird erneut bedroht. Diesmal geht die Gefahr von der geheimnisvollen und mächtigen Organisation "Siberia Yagyu" aus, die den Helm für ihre eigenen Zwecke erobern will.

Die Handlung beginnt mit der Ankunft von Freesia Yagyu, der Anführerin der Siberia Yagyu, die den Helm an sich reißen möchte, um ihre Macht zu stärken. Freesia ist eine charismatische und skrupellose Gegenspielerin, die keine Mühen scheut, um ihr Ziel zu erreichen. Jiyu, die den Helm trägt und dadurch die Fähigkeiten des legendären Schwertkämpfers Yagyu Jubei erhält, wird erneut in den Kampf gezogen. Unterstützt wird sie von ihren Freunden, darunter auch Ryugyu, ein weiterer Nachkomme der Yagyu-Familie, der eine ambivalente Rolle spielt.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Jiyu und Freesia immer komplexer, da sich herausstellt, dass ihre Schicksale eng miteinander verflochten sind. Freesia hat eine persönliche Verbindung zur Yagyu-Familie und verfolgt nicht nur machtpolitische Ziele, sondern auch eine persönliche Vendetta. Die Handlung entwickelt sich zu einem Konflikt, der nicht nur um den Besitz des Helms, sondern auch um die Identität und das Erbe der Yagyu-Familie kreist.

Die Serie verbindet Action, Humor und emotionale Momente, während sie die Charaktere weiterentwickelt. Jiyu muss nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch mit ihren eigenen Zweifeln und Ängsten umgehen. Die Dynamik zwischen den Charakteren, insbesondere zwischen Jiyu, Freesia und Ryugyu, treibt die Handlung voran und sorgt für Spannung und Tiefe. Die Serie endet mit einem finalen Showdown, der die Konflikte auflöst und die Zukunft der Charaktere bestimmt.