Die Mangaserie "My Friend's Little Sister Has It In for Me!" erzählt die Geschichte von Akiteru Amano, einem Highschool-Schüler, der gemeinsam mit seinem besten Freund Makabe und dessen jüngerer Schwester Mashiro ein ambitioniertes Projekt startet: die Entwicklung eines visuellen Romans. Akiteru, der unter dem Pseudonym "Kageishi" als erfolgreicher Light-Novel-Autor bekannt ist, bringt seine schriftstellerischen Fähigkeiten ein, während Mashiro, eine begabte Künstlerin, für die Illustrationen verantwortlich ist. Makabe übernimmt die Programmierung des Spiels.

Die Dynamik zwischen den Charakteren wird jedoch durch Mashiros ambivalentes Verhalten gegenüber Akiteru geprägt. Obwohl sie ihn oft mit sarkastischen Kommentaren und herablassenden Bemerkungen behandelt, deutet ihr Verhalten auch auf eine tiefere Zuneigung hin, die sie jedoch nicht offen zeigt. Diese Spannung zwischen den beiden bildet den Kern der Handlung, während sie gemeinsam an ihrem Projekt arbeiten und sich den Herausforderungen des Schullebens und der kreativen Zusammenarbeit stellen.

Neben den Hauptfiguren spielen weitere Charaktere eine Rolle, darunter Otoha Nanase, eine Klassenkameradin und Freundin von Mashiro, die ebenfalls in das Projekt involviert ist. Ihre Anwesenheit fügt der Gruppendynamik weitere Komplexität hinzu, da sie oft als Vermittlerin zwischen Akiteru und Mashiro agiert. Die Serie kombiniert humorvolle Szenen mit Momenten der Selbstreflexion, während die Charaktere ihre persönlichen Ziele und Beziehungen erkunden.

Die Handlung entwickelt sich durch die Interaktionen der Charaktere und die Fortschritte ihres Projekts, wobei sowohl romantische als auch freundschaftliche Beziehungen im Mittelpunkt stehen. Die Serie bietet eine Mischung aus Comedy, Romantik und Slice-of-Life-Elementen, die durch die alltäglichen Herausforderungen und emotionalen Konflikte der Protagonisten getragen wird.