"Maken-ki! 2" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und spielt in der Akademie Tenbi, einer Schule, die Schülern mit besonderen Fähigkeiten, sogenannten "Maken", eine Ausbildung bietet. Die Serie konzentriert sich auf Takeru Ōyama, einen Schüler, der sich zunächst als gewöhnlicher Mensch ohne besondere Kräfte präsentiert, jedoch im Laufe der Geschichte sein wahres Potenzial entdeckt. Takeru wird von einer Gruppe starker und einzigartiger Charaktere umgeben, darunter seine Kindheitsfreundin Haruko Amaya, die über übermenschliche Stärke verfügt, und Inaho Kushiya, eine mysteriöse Schülerin mit technologischen Fähigkeiten.

Die Handlung entwickelt sich um die Konflikte und Herausforderungen, denen die Schüler gegenüberstehen, insbesondere durch die Einführung neuer Gegner und die Enthüllung von Geheimnissen rund um die Maken. Die Akademie wird zum Schauplatz von Kämpfen, in denen die Schüler ihre Fähigkeiten einsetzen müssen, um sich gegen Bedrohungen zu behaupten. Dabei spielen sowohl persönliche Rivalitäten als auch größere, übergeordnete Konflikte eine Rolle. Die Beziehungen zwischen den Charakteren, insbesondere die romantischen Spannungen zwischen Takeru und den weiblichen Protagonisten, werden weiter vertieft.

Ein zentrales Element der Serie ist die Entwicklung der Charaktere und ihrer Fähigkeiten, wobei jeder Schüler seine eigenen Stärken und Schwächen hat. Die Handlung wird durch humorvolle und fanservice-lastige Szenen aufgelockert, bleibt aber auch in ernsteren Momenten fokussiert, insbesondere wenn es um die Hintergründe der Maken und die Motivationen der Antagonisten geht. Die Serie verbindet Action, Comedy und romantische Elemente, während sie die Dynamik zwischen den Charakteren und ihre individuellen Geschichten weiter ausbaut.