"Evangelion: 3.0 [-46h]" ist ein OVA, das als Vorgeschichte zu "Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo" fungiert und wichtige Ereignisse in der Zeitspanne zwischen den Filmen "Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance" und "Evangelion: 3.0" beleuchtet. Die Handlung spielt in einer post-apokalyptischen Welt, in der die Menschheit nach dem sogenannten "Near Third Impact" ums Überleben kämpft. Die Organisation WILLE, angeführt von Misato Katsuragi, versucht, die verbliebenen Ressourcen zu sichern und die Bedrohung durch NERV sowie die Engel zu bekämpfen.

Shinji Ikari, der Protagonist, befindet sich in einem Zustand der Isolation und Verwirrung, nachdem er im zweiten Film unwissentlich den Near Third Impact ausgelöst hat. Währenddessen bereitet NERV unter der Führung von Gendo Ikari und SEELE weiterhin die Instrumentalität vor, ein Ereignis, das die Menschheit in eine einzige Existenzform verschmelzen soll. Die Beziehung zwischen Shinji und seinem Vater bleibt angespannt, während Charaktere wie Asuka Langley Shikinami und Rei Ayanami weiterhin Schlüsselrollen in den Konflikten spielen.

Der OVA zeigt auch die Entstehung der WILLE-Organisation und ihre Bemühungen, die verbliebenen Evangelion-Einheiten zu nutzen, um gegen NERV vorzugehen. Die Spannungen zwischen den Fraktionen verschärfen sich, während die Charaktere mit den Konsequenzen ihrer Handlungen und den moralischen Dilemmata ihrer Welt konfrontiert werden. Die Handlung legt den Grundstein für die Ereignisse in "Evangelion: 3.0" und vertieft das Verständnis für die komplexen Beziehungen und Motivationen der Charaktere.