In "Pokémon: Mega Evolution Special I" wird die Geschichte von Alain, einem jungen Pokémon-Trainer, erzählt, der sich auf die Erforschung der Mega-Entwicklung spezialisiert hat. Alain arbeitet für Professor Sycamore und reist durch die Region, um die Geheimnisse dieser mächtigen Pokémon-Transformation zu erforschen. Sein Ziel ist es, der stärkste Trainer im Bereich der Mega-Entwicklung zu werden. Dabei wird er von seinem treuen Partner, dem Mega-Charizard X, begleitet, mit dem er eine enge Bindung teilt.

Die Handlung beginnt mit Alains Ankunft in der Hoenn-Region, wo er auf einen mysteriösen Mann namens Lysandre trifft, der das Team Flare anführt. Lysandre zeigt Interesse an Alains Fähigkeiten und schlägt vor, dass sie zusammenarbeiten könnten, um die Kraft der Mega-Entwicklung besser zu verstehen. Alain nimmt das Angebot an, ohne die wahren Absichten von Lysandre zu kennen. Im Verlauf der Geschichte kämpft Alain gegen verschiedene starke Trainer, darunter auch Steven Stone, den Champion der Hoenn-Region, der selbst ein Experte für seltene Steine und Mega-Entwicklung ist.

Ein zentraler Konflikt entsteht, als Alain auf Ash Ketchum und seine Freunde trifft, die ebenfalls in der Hoenn-Region unterwegs sind. Ash, der sich für die Mega-Entwicklung interessiert, fordert Alain zu einem Kampf heraus, um dessen Stärke zu testen. Der Kampf zwischen Ashs Pikachu und Alains Mega-Charizard X wird zu einem Höhepunkt der Handlung, der die unterschiedlichen Herangehensweisen der beiden Trainer verdeutlicht. Während Ash auf die Freundschaft und das Vertrauen zu seinen Pokémon setzt, konzentriert sich Alain mehr auf die reine Stärke und Effizienz im Kampf.

Gegen Ende des Specials wird deutlich, dass Lysandres Interesse an der Mega-Entwicklung tiefer geht, als Alain zunächst dachte. Lysandre plant, die Macht der Mega-Entwicklung für seine eigenen Zwecke zu nutzen, was Alain in einen moralischen Konflikt stürzt. Die Geschichte endet mit einem offenen Ausgang, der auf weitere Entwicklungen und Konflikte in zukünftigen Folgen hindeutet. Alain bleibt entschlossen, seine Fähigkeiten weiter zu verbessern, während Ash und seine Freunde ihre Reise fortsetzen.