"Pokémon: The Mastermind of Mirage Pokémon" ist ein TV-Special, das im Pokémon-Universum spielt und eine eigenständige Handlung präsentiert. Der Fokus liegt auf Ash Ketchum, Misty und Brock, die auf eine neue Herausforderung stoßen, als sie von Professor Oak zu einem geheimen Forschungslabor eingeladen werden. Dort treffen sie auf Dr. Yung, einen mysteriösen Wissenschaftler, der eine revolutionäre Technologie entwickelt hat: die sogenannten Mirage-Pokémon. Diese künstlich erzeugten Pokémon sind extrem mächtig und können sich in jede bekannte Pokémon-Art verwandeln.

Dr. Yung präsentiert seine Erfindung stolz, doch die Situation eskaliert schnell, als der bösartige Mastermind, ein geheimnisvoller Antagonist, die Kontrolle über die Mirage-Pokémon übernimmt. Mastermind nutzt die Technologie, um ein mächtiges Mirage-Mewtwo zu erschaffen, das er gegen Ash und seine Freunde einsetzt. Das Ziel von Mastermind ist es, die Welt zu beherrschen, indem er die Mirage-Pokémon als unbesiegbare Waffen einsetzt.

Ash, Misty und Brock müssen sich mit ihren eigenen Pokémon verbünden, um gegen die Bedrohung anzukämpfen. Unterstützung erhalten sie von Professor Oak und Dr. Yung, die versuchen, die Kontrolle über die Mirage-Technologie zurückzugewinnen. Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Mastermind eine persönliche Verbindung zu Dr. Yung hat, was die Motivation des Antagonisten weiter erklärt. Der Höhepunkt der Handlung ist ein intensiver Kampf zwischen Ashs Pikachu und dem Mirage-Mewtwo, bei dem Ashs Entschlossenheit und die Kraft der Freundschaft auf die Probe gestellt werden.

Das Special thematisiert die ethischen Fragen rund um künstlich geschaffene Pokémon und die Gefahren, die mit dem Missbrauch von Technologie einhergehen. Es bietet eine Mischung aus Action, Spannung und den klassischen Pokémon-Elementen, die Fans der Serie kennen. Die Charaktere bleiben ihren etablierten Persönlichkeiten treu, während sie sich einer neuen und ungewöhnlichen Bedrohung stellen.