"Pokémon Mystery Dungeon: Toki to Yami o Meguru Saigo no Bōken" ist ein TV-Special, das auf dem "Pokémon Mystery Dungeon"-Spieluniversum basiert. Die Handlung dreht sich um ein Riolu und ein Cyndaquil, die in einer Welt, die von Pokémon bewohnt wird, ohne Erinnerung an ihre Vergangenheit aufwachen. Sie erfahren, dass die Welt von einer drohenden Katastrophe bedroht ist, die durch die Störung der Zeit und des Raums verursacht wird. Dunkle Wolken breiten sich aus, und die Zeit beginnt, sich aufzulösen, was zu Chaos und Zerstörung führt.

Die beiden Pokémon schließen sich einem Team an, das sich der Rettung der Welt verschrieben hat. Sie treffen auf Dialga, das legendäre Pokémon der Zeit, das von der Dunkelheit korrumpiert wurde und nun die Zeit manipuliert, was die Katastrophe weiter verschlimmert. Im Laufe ihrer Reise entdecken Riolu und Cyndaquil, dass sie eine besondere Verbindung zu den Ereignissen haben und möglicherweise die einzigen sind, die die Welt retten können.

Die Charaktere entwickeln sich durch ihre Herausforderungen und die Begegnungen mit anderen Pokémon, die ihnen helfen oder Hindernisse darstellen. Die Geschichte betont Themen wie Freundschaft, Mut und die Bedeutung, sich der eigenen Vergangenheit zu stellen. Die Handlung gipfelt in einem finalen Konflikt, in dem Riolu und Cyndaquil gegen Dialga antreten müssen, um die Zeit zu stabilisieren und die Welt vor dem Untergang zu bewahren. Das Special endet mit einer emotionalen Auflösung, die die Bedeutung ihrer Reise und die Kraft ihrer Freundschaft unterstreicht.