"Mewtwo ~Kakusei e no Prologue~" ist ein TV-Special, das als Vorgeschichte zum Film "Pokémon: Der Film – Die Macht des Einzelnen" fungiert. Die Handlung konzentriert sich auf die Entstehung und die frühen Erfahrungen von Mewtwo, einem künstlich geschaffenen Pokémon, das aus der DNA des legendären Pokémon Mew entwickelt wurde. Die Geschichte beginnt in einem geheimen Labor, wo Wissenschaftler unter der Leitung von Dr. Fuji versuchen, das stärkste Pokémon der Welt zu erschaffen. Mewtwo wird als Ergebnis dieser Experimente geboren, besitzt jedoch von Anfang an ein ausgeprägtes Bewusstsein und eine tiefe Verwirrung über seine Existenz.

Mewtwo wird von den Wissenschaftlern als Werkzeug betrachtet, was zu inneren Konflikten und einer Identitätskrise führt. Das Pokémon beginnt, Fragen über seinen Zweck und seine Herkunft zu stellen. Als es erfährt, dass es ein Klon ist, empfindet es Schmerz und Wut über seine künstliche Natur. Diese Emotionen führen dazu, dass Mewtwo das Labor zerstört und sich auf eine Reise begibt, um seinen Platz in der Welt zu finden. Dabei trifft es auf verschiedene Trainer und Pokémon, die ihm unterschiedliche Perspektiven auf das Leben und die Beziehungen zwischen Pokémon und Menschen bieten.

Ein zentrales Thema ist Mewtwos Ringen mit seiner Identität und seine Suche nach Akzeptanz. Die Handlung zeigt, wie Mewtwo zwischen dem Wunsch, als Individuum anerkannt zu werden, und dem Gefühl, als bloße Waffe geschaffen worden zu sein, hin- und hergerissen ist. Die Charaktere, die Mewtwo auf seiner Reise trifft, darunter auch Ash Ketchum und seine Freunde, spielen eine wichtige Rolle, indem sie ihm Einblicke in die Welt der Pokémon-Trainer und die Bedeutung von Freundschaft und Respekt vermitteln.

Das TV-Special endet mit Mewtwos Entscheidung, seine eigene Zukunft zu gestalten, und bereitet die Ereignisse vor, die im späteren Film "Die Macht des Einzelnen" dargestellt werden. Die Geschichte bietet eine tiefgründige Betrachtung von Themen wie Identität, Schöpfung und den moralischen Implikationen wissenschaftlicher Experimente, während sie gleichzeitig die emotionale Entwicklung von Mewtwo in den Vordergrund stellt.