"Boruto -Naruto the Movie-" spielt in einer Zeit, in der das Dorf Konohagakure Frieden und Wohlstand genießt. Naruto Uzumaki, der Siebte Hokage, ist nun ein beschäftigter Anführer, der wenig Zeit für seine Familie hat. Sein Sohn, Boruto Uzumaki, fühlt sich vernachlässigt und rebelliert gegen die Erwartungen, die an ihn als Sohn des Hokage gestellt werden. Boruto versucht, die Anerkennung seines Vaters zu gewinnen, indem er sich auf die Chunin-Prüfungen vorbereitet, eine Reihe von Tests, die junge Ninja absolvieren müssen, um in den Rang eines Chunin aufzusteigen.

Während der Prüfungen trifft Boruto auf Mitsuki, einen mysteriösen Jungen, der von Orochimaru geschaffen wurde, sowie auf Sarada Uchiha, die Tochter von Sasuke Uchiha und Sakura Haruno. Die drei bilden ein Team und nehmen gemeinsam an den Prüfungen teil. Boruto nutzt jedoch ein verbotenes Werkzeug, das ihm unverdiente Vorteile verschafft, was schließlich aufgedeckt wird und zu seiner Disqualifikation führt. Naruto konfrontiert Boruto mit seinem Fehlverhalten, was zu einer weiteren Entfremdung zwischen Vater und Sohn führt.

Parallel dazu taucht eine neue Bedrohung auf: Momoshiki und Kinshiki Ōtsutsuki, mächtige Wesen aus einer anderen Dimension, die die Energie der Welt absorbieren wollen. Sie greifen Konohagakure an und entführen Naruto, um seine Chakra-Reserven zu nutzen. Boruto, Sasuke und die anderen Ninja machen sich auf den Weg, um Naruto zu retten. Während der Mission erkennt Boruto die Bedeutung von Teamwork und Verantwortung und versöhnt sich mit seinem Vater.

Im finalen Kampf gegen Momoshiki arbeiten Boruto und Naruto zusammen und besiegen den Feind. Boruto entwickelt dabei eine neue Technik, die das Chakra seines Vaters nutzt, und beweist, dass er das Potenzial hat, ein großer Ninja zu werden. Der Film endet mit einer stärkeren Bindung zwischen Boruto und Naruto sowie der Erkenntnis, dass Boruto seinen eigenen Weg als Ninja finden muss, unabhängig von den Erwartungen anderer.